More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5283 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
269 aa  543  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  76.26 
 
 
260 aa  408  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  76.47 
 
 
255 aa  407  1e-113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  73.75 
 
 
259 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  68.66 
 
 
303 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  69.77 
 
 
258 aa  383  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  69.38 
 
 
261 aa  372  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  70.7 
 
 
255 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  65.76 
 
 
264 aa  355  5e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  69.02 
 
 
264 aa  349  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  66.27 
 
 
308 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  67.84 
 
 
263 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  69.02 
 
 
255 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  63.92 
 
 
260 aa  335  5.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  61.45 
 
 
265 aa  332  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  61.07 
 
 
265 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  62.5 
 
 
260 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  60.53 
 
 
272 aa  328  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  62.5 
 
 
262 aa  328  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  61.07 
 
 
265 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  61.18 
 
 
283 aa  326  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  61.05 
 
 
270 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  60.67 
 
 
270 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  59.77 
 
 
264 aa  324  9e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  61.18 
 
 
266 aa  322  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  60.63 
 
 
274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  61.18 
 
 
259 aa  319  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  60 
 
 
261 aa  318  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  63.64 
 
 
256 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  60.78 
 
 
256 aa  316  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  61.72 
 
 
284 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  58.75 
 
 
271 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  61.18 
 
 
256 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  60.78 
 
 
257 aa  307  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  56.64 
 
 
256 aa  295  4e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  56.15 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  55.21 
 
 
259 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  54.83 
 
 
259 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  54.05 
 
 
259 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  51.75 
 
 
259 aa  275  5e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  51.92 
 
 
261 aa  270  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  53.85 
 
 
263 aa  266  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.21 
 
 
266 aa  265  5e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  53.67 
 
 
266 aa  264  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  51.74 
 
 
259 aa  264  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  51.35 
 
 
261 aa  262  4e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  53.21 
 
 
270 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  51.33 
 
 
264 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  51.71 
 
 
264 aa  258  7e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  51.33 
 
 
264 aa  257  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  49.06 
 
 
268 aa  256  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  50.97 
 
 
267 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  52.67 
 
 
264 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  49.81 
 
 
263 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  50.58 
 
 
262 aa  251  7e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  51.34 
 
 
276 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  52.85 
 
 
266 aa  248  9e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  49.23 
 
 
262 aa  244  9e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  48.26 
 
 
263 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 
263 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  50 
 
 
264 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  48.08 
 
 
260 aa  242  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  49.22 
 
 
263 aa  241  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  48.08 
 
 
279 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  48.85 
 
 
263 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  48.46 
 
 
260 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  46.85 
 
 
260 aa  239  2.9999999999999997e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  48.44 
 
 
263 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  51.53 
 
 
262 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 
258 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  47.84 
 
 
262 aa  232  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  47.31 
 
 
258 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  48.25 
 
 
256 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  44.4 
 
 
263 aa  224  1e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  44.4 
 
 
263 aa  224  1e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  44.31 
 
 
258 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  44.49 
 
 
258 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.09 
 
 
258 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  44.09 
 
 
258 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4198  exodeoxyribonuclease III Xth  44.49 
 
 
266 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.85997  normal  0.154808 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
258 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  49.22 
 
 
258 aa  203  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
322 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  42.75 
 
 
277 aa  203  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  44.57 
 
 
258 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3153  exodeoxyribonuclease III Xth  42.42 
 
 
264 aa  203  3e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000272901  hitchhiker  0.000542598 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  43.53 
 
 
254 aa  202  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  44.19 
 
 
258 aa  202  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  43.02 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  42.52 
 
 
271 aa  201  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  42.52 
 
 
271 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  42.97 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  42.52 
 
 
272 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  43.31 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  42.46 
 
 
257 aa  196  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>