More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3456 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 303 aa  617  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  68.66 
 
 		 269 aa  385  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  71.76 
 
 		 263 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  67.84 
 
 		 258 aa  380  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  70.43 
 
 		 260 aa  379  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  69.02 
 
 		 255 aa  380  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  70.98 
 
 		 264 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  70.82 
 
 		 259 aa  380  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  66.15 
 
 		 264 aa  360  1e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  65.76 
 
 		 261 aa  359  4e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  67.97 
 
 		 255 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  67.97 
 
 		 262 aa  354  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  58.8 
 
 		 308 aa  351  8e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  66.67 
 
 		 255 aa  348  7e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  60.77 
 
 		 264 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  61.63 
 
 		 272 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  61.18 
 
 		 260 aa  332  4e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  61 
 
 		 270 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  58.69 
 
 		 283 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  58.43 
 
 		 270 aa  329  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  61.72 
 
 		 265 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  59.38 
 
 		 260 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  59.32 
 
 		 266 aa  328  9e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  58.98 
 
 		 265 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  62.5 
 
 		 256 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  61.33 
 
 		 265 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  60.39 
 
 		 261 aa  324  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  60.31 
 
 		 271 aa  323  2e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  59.92 
 
 		 257 aa  322  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  57.42 
 
 		 256 aa  316  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.04 
 
 		 274 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  57.81 
 
 		 259 aa  312  4.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  60.47 
 
 		 256 aa  308  8e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  58.37 
 
 		 284 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.03 
 
 		 256 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  54.09 
 
 		 259 aa  298  7e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.77 
 
 		 266 aa  279  3e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  53.85 
 
 		 261 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  54.23 
 
 		 266 aa  275  6e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  52.69 
 
 		 263 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  51.15 
 
 		 260 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  53.46 
 
 		 259 aa  268  7e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  52.09 
 
 		 267 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  53.08 
 
 		 259 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  49.62 
 
 		 260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  52.01 
 
 		 270 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  51.56 
 
 		 263 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  49.23 
 
 		 279 aa  264  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  51.72 
 
 		 261 aa  264  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  52.31 
 
 		 263 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  52.27 
 
 		 276 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  51.74 
 
 		 263 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  50.78 
 
 		 263 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 264 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  51.14 
 
 		 262 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  51.15 
 
 		 263 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  49.62 
 
 		 264 aa  259  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 264 aa  259  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  51.54 
 
 		 259 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  53.08 
 
 		 258 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 		 261 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  50.39 
 
 		 264 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  52.31 
 
 		 259 aa  256  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  54.37 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  48.29 
 
 		 262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  49.63 
 
 		 268 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  47.69 
 
 		 263 aa  251  9.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  51.15 
 
 		 264 aa  248  9e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  46.33 
 
 		 263 aa  242  5e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  46.33 
 
 		 263 aa  242  5e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 		 262 aa  241  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  47.69 
 
 		 258 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  48.24 
 
 		 260 aa  237  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  48.05 
 
 		 262 aa  232  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  46.69 
 
 		 256 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  41.01 
 
 		 277 aa  211  7.999999999999999e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  43.8 
 
 		 258 aa  211  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  43.41 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  43.41 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  43.41 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  43.41 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  43.41 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  43.41 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  43.41 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  43.7 
 
 		 258 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  43.24 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  42.91 
 
 		 272 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  41.67 
 
 		 275 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  43.24 
 
 		 258 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  43.31 
 
 		 258 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  42.91 
 
 		 258 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  42.91 
 
 		 258 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  42.19 
 
 		 254 aa  202  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  42.02 
 
 		 254 aa  202  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  41.73 
 
 		 258 aa  202  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  44.4 
 
 		 254 aa  198  9e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  41.96 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  41.26 
 
 		 269 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  43.8 
 
 		 254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  40.55 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>