More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1624 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 269 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  98.14 
 
 		 269 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  87.73 
 
 		 269 aa  500  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  72.49 
 
 		 275 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  71.8 
 
 		 265 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  68.42 
 
 		 258 aa  377  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  68.54 
 
 		 258 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  68.54 
 
 		 322 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  68.54 
 
 		 258 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  68.05 
 
 		 258 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  68.54 
 
 		 258 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  68.05 
 
 		 258 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  68.54 
 
 		 258 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  68.54 
 
 		 258 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  68.54 
 
 		 258 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  68.05 
 
 		 258 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  67.79 
 
 		 258 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  66.17 
 
 		 272 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  65.41 
 
 		 271 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  65.04 
 
 		 271 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  65.04 
 
 		 258 aa  363  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  63.91 
 
 		 258 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1252  exodeoxyribonuclease III Xth  61.45 
 
 		 282 aa  354  8.999999999999999e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010877  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0701  exodeoxyribonuclease III Xth  61.59 
 
 		 288 aa  347  1e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.60209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  63.02 
 
 		 258 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  59.02 
 
 		 255 aa  315  4e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  59.77 
 
 		 254 aa  315  5e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  59.48 
 
 		 256 aa  315  5e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  59.4 
 
 		 255 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  57.52 
 
 		 258 aa  311  6.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  57.14 
 
 		 260 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  57.14 
 
 		 261 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  56.77 
 
 		 254 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 		 254 aa  301  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  55.26 
 
 		 267 aa  297  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  52.63 
 
 		 277 aa  295  5e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  54.51 
 
 		 258 aa  293  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  54.51 
 
 		 258 aa  293  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  54.14 
 
 		 258 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  57.41 
 
 		 258 aa  289  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  54.55 
 
 		 267 aa  287  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  52.83 
 
 		 257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  53.79 
 
 		 256 aa  281  6.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  51.87 
 
 		 254 aa  276  3e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  51.14 
 
 		 255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  51.91 
 
 		 256 aa  271  7e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  52.61 
 
 		 255 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  51.53 
 
 		 256 aa  269  4e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  50.94 
 
 		 258 aa  269  4e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2983  exodeoxyribonuclease III  52.26 
 
 		 274 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385795  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3970  exodeoxyribonuclease III  50.76 
 
 		 258 aa  267  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  53.44 
 
 		 259 aa  265  5e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  48.87 
 
 		 257 aa  265  5.999999999999999e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.645227  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  51.91 
 
 		 264 aa  256  3e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1037  exodeoxyribonuclease III  51.53 
 
 		 264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  47.97 
 
 		 265 aa  246  3e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  49.44 
 
 		 257 aa  240  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  49.44 
 
 		 257 aa  240  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2559  exodeoxyribonuclease III  44.24 
 
 		 260 aa  236  3e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5112  exodeoxyribonuclease III  43.82 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.130446  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  43.22 
 
 		 281 aa  232  5e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  43.12 
 
 		 281 aa  232  5e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  41.57 
 
 		 260 aa  227  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  41.2 
 
 		 260 aa  227  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  40.82 
 
 		 279 aa  227  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  43.17 
 
 		 275 aa  227  1e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  42.28 
 
 		 275 aa  225  6e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4594  exodeoxyribonuclease III Xth  44.57 
 
 		 268 aa  224  8e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.136344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0209  exodeoxyribonuclease III xth  45.73 
 
 		 237 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  40.22 
 
 		 281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 262 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 		 262 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  40.37 
 
 		 262 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  39.93 
 
 		 281 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  41.83 
 
 		 261 aa  214  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  41.48 
 
 		 262 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  40.98 
 
 		 263 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  40.98 
 
 		 263 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  41.11 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  40.75 
 
 		 263 aa  211  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  44.85 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  39.85 
 
 		 264 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  42.07 
 
 		 279 aa  203  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  42.16 
 
 		 264 aa  202  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  42.54 
 
 		 264 aa  202  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  40.3 
 
 		 258 aa  202  5e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  40.36 
 
 		 277 aa  201  7e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  42.21 
 
 		 265 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  38.78 
 
 		 267 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  42.16 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  41.95 
 
 		 260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  38.58 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  39.25 
 
 		 263 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  39.31 
 
 		 266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  41.22 
 
 		 255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  39.25 
 
 		 276 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  39.18 
 
 		 263 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  40.82 
 
 		 263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  41.73 
 
 		 265 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  39.92 
 
 		 259 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>