More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2071 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 
256 aa  527  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  79.13 
 
 
254 aa  417  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2983  exodeoxyribonuclease III  71.65 
 
 
274 aa  377  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385795  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  68.09 
 
 
260 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  67.44 
 
 
258 aa  361  6e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  67.44 
 
 
258 aa  361  6e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  67.05 
 
 
258 aa  358  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  66.93 
 
 
267 aa  355  5e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  64.59 
 
 
261 aa  349  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  65.89 
 
 
258 aa  344  8e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  67.44 
 
 
258 aa  338  5.9999999999999996e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  62.2 
 
 
258 aa  333  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  64.45 
 
 
254 aa  331  9e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  60.39 
 
 
255 aa  329  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
258 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
258 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
258 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
322 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
258 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
258 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
258 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  62.2 
 
 
258 aa  327  9e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  60.85 
 
 
258 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  61.81 
 
 
258 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  61.81 
 
 
258 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  60 
 
 
275 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
258 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  60.46 
 
 
265 aa  326  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  61.02 
 
 
272 aa  323  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  59.69 
 
 
258 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  60 
 
 
255 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  61.42 
 
 
254 aa  318  3.9999999999999996e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  59.45 
 
 
271 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  60.97 
 
 
269 aa  317  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  58.59 
 
 
277 aa  317  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  59.06 
 
 
271 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  60.22 
 
 
269 aa  316  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  59.45 
 
 
258 aa  315  4e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  59.48 
 
 
269 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  59.22 
 
 
254 aa  301  8.000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1252  exodeoxyribonuclease III Xth  54.35 
 
 
282 aa  301  9e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010877  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  56.86 
 
 
255 aa  294  8e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0701  exodeoxyribonuclease III Xth  54.18 
 
 
288 aa  293  2e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.60209 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  55.12 
 
 
255 aa  288  8e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  55.73 
 
 
256 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  54.94 
 
 
267 aa  281  6.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  52.96 
 
 
256 aa  280  1e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  52.57 
 
 
256 aa  279  4e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  54.3 
 
 
258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  53.73 
 
 
259 aa  266  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1037  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 
264 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  53.31 
 
 
264 aa  265  5.999999999999999e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3970  exodeoxyribonuclease III  52.94 
 
 
258 aa  262  3e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2559  exodeoxyribonuclease III  48.85 
 
 
260 aa  260  2e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5112  exodeoxyribonuclease III  48.29 
 
 
260 aa  259  3e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.130446  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0209  exodeoxyribonuclease III xth  48.52 
 
 
237 aa  257  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  44.11 
 
 
281 aa  256  2e-67  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 
257 aa  255  5e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.645227  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  49.6 
 
 
257 aa  254  7e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  42.97 
 
 
281 aa  251  7e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  43.35 
 
 
281 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  45.98 
 
 
261 aa  249  4e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4594  exodeoxyribonuclease III Xth  46.3 
 
 
268 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.136344  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  50.39 
 
 
257 aa  246  3e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  50.39 
 
 
257 aa  246  3e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  44.53 
 
 
262 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  44.53 
 
 
262 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  46.77 
 
 
265 aa  238  6.999999999999999e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  42.86 
 
 
275 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  42.48 
 
 
275 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  41.44 
 
 
281 aa  232  5e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  46.95 
 
 
282 aa  230  1e-59  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  43.89 
 
 
277 aa  229  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  46.67 
 
 
265 aa  228  9e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  44.49 
 
 
279 aa  223  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  45.1 
 
 
265 aa  217  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  44.44 
 
 
267 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  44.27 
 
 
288 aa  214  9.999999999999999e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  43.8 
 
 
261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 
279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  43.85 
 
 
260 aa  211  5.999999999999999e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  42.69 
 
 
260 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  43.7 
 
 
263 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.58 
 
 
260 aa  210  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15770  Exodeoxyribonuclease III  44.06 
 
 
259 aa  207  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.587593  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.02 
 
 
266 aa  207  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  42.37 
 
 
262 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  43.31 
 
 
263 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  43.7 
 
 
276 aa  204  8e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  42.86 
 
 
259 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  41.76 
 
 
262 aa  202  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  42.97 
 
 
266 aa  202  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4198  exodeoxyribonuclease III Xth  43.73 
 
 
266 aa  202  4e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.85997  normal  0.154808 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  42.13 
 
 
263 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  42.75 
 
 
264 aa  202  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  42.75 
 
 
264 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  43.75 
 
 
264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  40.84 
 
 
263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  43.14 
 
 
254 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  41.47 
 
 
266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>