More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1189 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 265 aa  549  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  80.38 
 
 		 275 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  73.68 
 
 		 269 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  71.8 
 
 		 269 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  71.8 
 
 		 269 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  70.99 
 
 		 258 aa  387  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  70.34 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  70.34 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  70.34 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  70.34 
 
 		 322 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  70.23 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  70.34 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  70.61 
 
 		 258 aa  384  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  70.34 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  70.34 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  70.61 
 
 		 258 aa  384  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  69.58 
 
 		 258 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  69.47 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  68.44 
 
 		 271 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  68.32 
 
 		 271 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  67.56 
 
 		 258 aa  368  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  66.41 
 
 		 258 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0701  exodeoxyribonuclease III Xth  64.73 
 
 		 288 aa  359  3e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.60209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  65.38 
 
 		 258 aa  358  6e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1252  exodeoxyribonuclease III Xth  62.68 
 
 		 282 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010877  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  63.53 
 
 		 254 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  60.31 
 
 		 255 aa  330  1e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  61.98 
 
 		 254 aa  330  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  60.46 
 
 		 256 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  57.25 
 
 		 277 aa  318  5e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  59.69 
 
 		 254 aa  317  1e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  56.65 
 
 		 255 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 		 267 aa  309  2.9999999999999997e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  57.89 
 
 		 258 aa  307  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  56.77 
 
 		 258 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  56.72 
 
 		 260 aa  305  6e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  56.13 
 
 		 261 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  56.02 
 
 		 258 aa  299  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  55.68 
 
 		 256 aa  298  4e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  55.13 
 
 		 255 aa  298  5e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  55.68 
 
 		 256 aa  298  5e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  55.64 
 
 		 258 aa  298  7e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  55.13 
 
 		 255 aa  298  9e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  54.58 
 
 		 256 aa  292  4e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  53.21 
 
 		 258 aa  288  5.0000000000000004e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  54.14 
 
 		 267 aa  285  5e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  56.77 
 
 		 258 aa  285  5.999999999999999e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2983  exodeoxyribonuclease III  54.2 
 
 		 274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385795  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  51.32 
 
 		 257 aa  279  4e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  51.71 
 
 		 254 aa  272  5.000000000000001e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 257 aa  271  9e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.645227  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3970  exodeoxyribonuclease III  53.1 
 
 		 258 aa  268  8e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  52.63 
 
 		 264 aa  264  1e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  52.71 
 
 		 259 aa  264  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1037  exodeoxyribonuclease III  52.26 
 
 		 264 aa  262  4e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0209  exodeoxyribonuclease III xth  51.3 
 
 		 237 aa  252  4.0000000000000004e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  47.94 
 
 		 265 aa  249  4e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  50.76 
 
 		 257 aa  248  9e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  50.76 
 
 		 257 aa  248  9e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2559  exodeoxyribonuclease III  44.53 
 
 		 260 aa  246  3e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  43.61 
 
 		 261 aa  241  1e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5112  exodeoxyribonuclease III  43.4 
 
 		 260 aa  239  4e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.130446  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4594  exodeoxyribonuclease III Xth  44.65 
 
 		 268 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.136344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  41.79 
 
 		 275 aa  227  1e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  40.15 
 
 		 281 aa  226  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  41.79 
 
 		 275 aa  226  4e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  40.96 
 
 		 281 aa  226  4e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  40.82 
 
 		 262 aa  221  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  40.82 
 
 		 262 aa  221  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  39.11 
 
 		 281 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  38.89 
 
 		 281 aa  214  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  44.07 
 
 		 279 aa  212  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  39.41 
 
 		 260 aa  211  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  38.29 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  38.66 
 
 		 260 aa  210  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  41.95 
 
 		 277 aa  209  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  43.82 
 
 		 282 aa  206  2e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  42.86 
 
 		 265 aa  206  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  40.37 
 
 		 266 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  42.37 
 
 		 265 aa  204  2e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  39.47 
 
 		 263 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  39.41 
 
 		 267 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  38.72 
 
 		 263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  41.57 
 
 		 288 aa  200  3e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  40 
 
 		 264 aa  198  7.999999999999999e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  41.73 
 
 		 262 aa  198  7.999999999999999e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  39.63 
 
 		 261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  40.53 
 
 		 264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  38.43 
 
 		 276 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  41.31 
 
 		 260 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  36.67 
 
 		 262 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  38.52 
 
 		 263 aa  195  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  37.12 
 
 		 263 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  38.89 
 
 		 266 aa  194  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  39.03 
 
 		 263 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  39.38 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  40.38 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  38.46 
 
 		 261 aa  191  8e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  37.78 
 
 		 262 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  40.68 
 
 		 255 aa  189  5.999999999999999e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>