More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1180 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 264 aa  550  1e-156  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  67.18 
 
 		 259 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 265 aa  269  2.9999999999999997e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  42.35 
 
 		 255 aa  221  8e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  42.31 
 
 		 261 aa  215  5.9999999999999996e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  41.63 
 
 		 256 aa  213  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  42.02 
 
 		 256 aa  211  7e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  41.9 
 
 		 255 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  40.61 
 
 		 275 aa  208  7e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5112  exodeoxyribonuclease III  41.76 
 
 		 260 aa  207  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.130446  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2559  exodeoxyribonuclease III  40.15 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  42.13 
 
 		 256 aa  206  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  41 
 
 		 275 aa  205  6e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  40.08 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  40.62 
 
 		 267 aa  203  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  39.69 
 
 		 257 aa  203  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  41.11 
 
 		 277 aa  202  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  40.84 
 
 		 262 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  40.84 
 
 		 262 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 		 281 aa  199  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  42.02 
 
 		 255 aa  199  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  39.53 
 
 		 254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  40.53 
 
 		 265 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  39.47 
 
 		 281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  42.64 
 
 		 254 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  39.16 
 
 		 279 aa  194  8.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4594  exodeoxyribonuclease III Xth  39.62 
 
 		 268 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.136344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0209  exodeoxyribonuclease III xth  42.02 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  40.71 
 
 		 255 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  40.08 
 
 		 258 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0065  exodeoxyribonuclease III Xth  39 
 
 		 259 aa  192  7e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  41 
 
 		 265 aa  191  1e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  38.61 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  37.02 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  38.64 
 
 		 281 aa  189  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  39.61 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  40.08 
 
 		 258 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  40.08 
 
 		 258 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  36.64 
 
 		 288 aa  188  5.999999999999999e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  37.93 
 
 		 258 aa  188  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  39.37 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  35.96 
 
 		 281 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  40.32 
 
 		 259 aa  187  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  37.5 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  38.67 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  37.6 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  37.98 
 
 		 261 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  40.6 
 
 		 269 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  40.6 
 
 		 269 aa  185  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  38.08 
 
 		 258 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  38.43 
 
 		 254 aa  182  5.0000000000000004e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  39.16 
 
 		 275 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  37.65 
 
 		 271 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  39.61 
 
 		 260 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  37.65 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  37.5 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  37.16 
 
 		 263 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1037  exodeoxyribonuclease III  37.12 
 
 		 264 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  38.72 
 
 		 269 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  38.52 
 
 		 258 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2983  exodeoxyribonuclease III  38.52 
 
 		 274 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385795  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  38.61 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  38.61 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  37.4 
 
 		 258 aa  174  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  38.22 
 
 		 258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  37.93 
 
 		 258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  37.85 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1252  exodeoxyribonuclease III Xth  35.77 
 
 		 282 aa  172  6.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010877  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  36.68 
 
 		 265 aa  171  7.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  38.74 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  37.4 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  35.52 
 
 		 258 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  35.63 
 
 		 276 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  37.07 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3970  exodeoxyribonuclease III  36.22 
 
 		 258 aa  170  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0701  exodeoxyribonuclease III Xth  35.23 
 
 		 288 aa  169  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.60209 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  36.68 
 
 		 265 aa  169  3e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0415  exodeoxyribonuclease III  38.37 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  36.68 
 
 		 263 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  36.05 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  34.75 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  38.8 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  37.45 
 
 		 262 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  36.05 
 
 		 259 aa  165  8e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  34.1 
 
 		 267 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  36.05 
 
 		 259 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  36.9 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0258  exodeoxyribonuclease III  36.7 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0433178  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  35.55 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0470  exodeoxyribonuclease III Xth  35.96 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  35.43 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  38.31 
 
 		 264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>