More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3054 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 268 aa  554  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  73.13 
 
 		 267 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  72.01 
 
 		 267 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  69.4 
 
 		 267 aa  398  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  66.92 
 
 		 284 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  64.93 
 
 		 268 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  64.93 
 
 		 289 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  64.93 
 
 		 268 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  61.48 
 
 		 270 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  59.63 
 
 		 268 aa  328  5.0000000000000004e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  58.09 
 
 		 272 aa  328  8e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  58.96 
 
 		 271 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  57.88 
 
 		 270 aa  322  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  57.56 
 
 		 269 aa  316  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  56.46 
 
 		 270 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  57.2 
 
 		 352 aa  314  9e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  56.62 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  58.09 
 
 		 295 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  55.68 
 
 		 290 aa  312  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  56.2 
 
 		 271 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.2 
 
 		 270 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  56.46 
 
 		 269 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  56.83 
 
 		 269 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  56.09 
 
 		 269 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  56.83 
 
 		 269 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  55.76 
 
 		 262 aa  301  9e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  54.98 
 
 		 269 aa  298  8e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  56.39 
 
 		 261 aa  294  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  53.76 
 
 		 267 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  54.89 
 
 		 285 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  54.48 
 
 		 262 aa  281  7.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  52.79 
 
 		 270 aa  281  7.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  52.83 
 
 		 264 aa  280  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  51.49 
 
 		 262 aa  279  3e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  52.26 
 
 		 263 aa  279  4e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  52.24 
 
 		 262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  52.61 
 
 		 262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  52.61 
 
 		 262 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  53.79 
 
 		 270 aa  272  4.0000000000000004e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  47.21 
 
 		 268 aa  246  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  46.86 
 
 		 249 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  35.06 
 
 		 262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  34.75 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  37.82 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  34.32 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  36.86 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  36.13 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  34.31 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  35.64 
 
 		 267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  32.23 
 
 		 281 aa  145  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  35 
 
 		 263 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  34.86 
 
 		 262 aa  145  8.000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  35.96 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  36.8 
 
 		 265 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  33.09 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  34.19 
 
 		 257 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  35.19 
 
 		 261 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  36.57 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  34.41 
 
 		 263 aa  141  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  33.33 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  31.99 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  34.42 
 
 		 256 aa  139  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  35.29 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  35.45 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  36.9 
 
 		 255 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 		 263 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0065  exodeoxyribonuclease III Xth  33.58 
 
 		 259 aa  139  7e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  34.42 
 
 		 256 aa  138  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  32.35 
 
 		 281 aa  138  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  33.21 
 
 		 264 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  33.46 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  34.83 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0371  exodeoxyribonuclease III  32.64 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.226435  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  36.16 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  34.56 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  36.16 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  33.21 
 
 		 264 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  34.22 
 
 		 269 aa  135  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  31.99 
 
 		 281 aa  135  5e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  33.97 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  33.7 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  32.96 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  34.81 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  32.96 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  35.84 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  36.88 
 
 		 256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  32.71 
 
 		 256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  34.69 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1001  exodeoxyribonuclease III  34.44 
 
 		 259 aa  133  3e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0471864  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  34.22 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0415  exodeoxyribonuclease III  34.09 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  33.08 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  33.09 
 
 		 260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  33.7 
 
 		 261 aa  133  3.9999999999999996e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  35.61 
 
 		 255 aa  132  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  34.08 
 
 		 259 aa  132  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  33.58 
 
 		 259 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 		 270 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  31.99 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>