More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0330 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 270 aa  554  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  71.11 
 
 		 272 aa  411  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  63.81 
 
 		 284 aa  348  7e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  58.82 
 
 		 290 aa  341  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  60.22 
 
 		 270 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  61.48 
 
 		 268 aa  335  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  59.11 
 
 		 270 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  59.48 
 
 		 270 aa  333  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  59.48 
 
 		 268 aa  333  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 		 289 aa  331  7.000000000000001e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 		 268 aa  330  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  59.11 
 
 		 352 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  59.11 
 
 		 267 aa  328  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  57.99 
 
 		 267 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  59.62 
 
 		 295 aa  325  6e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  57.93 
 
 		 271 aa  324  8.000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.87 
 
 		 293 aa  323  1e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  58.21 
 
 		 267 aa  322  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  58.65 
 
 		 268 aa  322  5e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  58.52 
 
 		 269 aa  315  5e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  57.04 
 
 		 269 aa  314  8e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  57.04 
 
 		 269 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  56.88 
 
 		 271 aa  311  6.999999999999999e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  55.93 
 
 		 269 aa  298  5e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  55.93 
 
 		 269 aa  298  6e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  55.56 
 
 		 269 aa  297  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  56.88 
 
 		 262 aa  291  6e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  52.83 
 
 		 264 aa  280  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  58.87 
 
 		 270 aa  280  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  55.81 
 
 		 261 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  53.9 
 
 		 285 aa  277  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  52.42 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  50.74 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 		 263 aa  268  8e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  52.79 
 
 		 267 aa  268  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 		 262 aa  261  6e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  49.81 
 
 		 262 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  50.59 
 
 		 249 aa  259  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  49.44 
 
 		 262 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  50.93 
 
 		 268 aa  257  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  49.44 
 
 		 262 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  36.84 
 
 		 262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  37.55 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  37.45 
 
 		 256 aa  156  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  37.45 
 
 		 256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  36.26 
 
 		 262 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  33.33 
 
 		 281 aa  149  5e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  31.45 
 
 		 281 aa  149  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  37 
 
 		 264 aa  149  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  31.48 
 
 		 281 aa  148  9e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  36.33 
 
 		 266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  35.07 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  36.63 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  34.46 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  37.31 
 
 		 258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  31.45 
 
 		 281 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  35.32 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  34.08 
 
 		 275 aa  145  6e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  35.4 
 
 		 263 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  35.45 
 
 		 259 aa  145  9e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  32.71 
 
 		 279 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  35.47 
 
 		 267 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  38.58 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  32.71 
 
 		 260 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  38.58 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  37.92 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  36.16 
 
 		 267 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  34.59 
 
 		 260 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  37.13 
 
 		 263 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  35.56 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05580  Exodeoxyribonuclease III  38.41 
 
 		 281 aa  143  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  34.57 
 
 		 263 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  33.96 
 
 		 266 aa  143  4e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  35.29 
 
 		 279 aa  142  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  36.98 
 
 		 258 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  36.67 
 
 		 264 aa  142  8e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  34.7 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  35.77 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  34.91 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  38.18 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  35.82 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  35.9 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  35.66 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  33.83 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  35.07 
 
 		 263 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  33.58 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  35.56 
 
 		 282 aa  139  6e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  34.94 
 
 		 256 aa  139  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  33.09 
 
 		 264 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  34.31 
 
 		 277 aa  138  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  35.04 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  35.16 
 
 		 258 aa  137  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  35.51 
 
 		 262 aa  137  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  35.36 
 
 		 255 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  36.4 
 
 		 269 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1079  exodeoxyribonuclease III  36.73 
 
 		 262 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  36.4 
 
 		 269 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  35.51 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>