More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3924 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  84.42 
 
 
443 aa  770    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
443 aa  895    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.17 
 
 
441 aa  370  1e-101  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.86 
 
 
412 aa  345  8e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.99 
 
 
313 aa  302  8.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.28 
 
 
310 aa  295  1e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.54 
 
 
304 aa  290  3e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.81 
 
 
318 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.39 
 
 
552 aa  252  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.33 
 
 
1131 aa  249  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.54 
 
 
308 aa  238  2e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  41.06 
 
 
1111 aa  237  4e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  40.13 
 
 
326 aa  229  8e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 
326 aa  225  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.22 
 
 
340 aa  223  4e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.22 
 
 
322 aa  205  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.87 
 
 
319 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0013  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.01 
 
 
314 aa  180  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.992585 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  34.72 
 
 
373 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4451  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.97 
 
 
314 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.2 
 
 
883 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.59 
 
 
312 aa  170  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  33.08 
 
 
278 aa  170  6e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  47.19 
 
 
462 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  40.5 
 
 
442 aa  168  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0804  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.29 
 
 
314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.504991 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4115  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  43.26 
 
 
436 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0282  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.01 
 
 
306 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205887  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  42.13 
 
 
438 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.88 
 
 
753 aa  159  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.8 
 
 
766 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.02 
 
 
786 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.94 
 
 
797 aa  156  8e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  31.6 
 
 
306 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 
773 aa  154  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0652  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.57 
 
 
297 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
446 aa  152  8e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  42.7 
 
 
442 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.88 
 
 
353 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.61 
 
 
308 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.61 
 
 
308 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1313  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.75 
 
 
312 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000261036  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
446 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.89 
 
 
632 aa  140  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.52 
 
 
228 aa  140  6e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5056  response regulator receiver protein  31.6 
 
 
305 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.749886 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0280  response regulator receiver protein  29 
 
 
295 aa  137  4e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.932912 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.01 
 
 
593 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.01 
 
 
593 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 
322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 
314 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.5 
 
 
319 aa  136  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.6 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.96 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.03 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.52 
 
 
1036 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.52 
 
 
1023 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  40 
 
 
439 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.89 
 
 
606 aa  131  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  34.7 
 
 
310 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  41.61 
 
 
229 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  36.52 
 
 
301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  41.61 
 
 
229 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.24 
 
 
330 aa  130  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.55 
 
 
240 aa  129  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.88 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.62 
 
 
310 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.57 
 
 
598 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.12 
 
 
317 aa  129  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  39.33 
 
 
353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 
338 aa  128  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  35.96 
 
 
441 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.91 
 
 
599 aa  127  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  30.03 
 
 
1526 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  50 
 
 
236 aa  127  5e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  31.82 
 
 
306 aa  127  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0377  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.64 
 
 
314 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  49.6 
 
 
236 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.37 
 
 
1499 aa  123  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4937  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 
257 aa  123  6e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.565868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.22 
 
 
316 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  49.6 
 
 
236 aa  123  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3742  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.46 
 
 
263 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  42.42 
 
 
227 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.51 
 
 
324 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.36 
 
 
239 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.82 
 
 
314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.95 
 
 
589 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  46.77 
 
 
247 aa  121  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.41 
 
 
242 aa  121  3e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 
229 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.47 
 
 
312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2969  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 
229 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000855765  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.95 
 
 
324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.98 
 
 
584 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.04 
 
 
225 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 
406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 
236 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>