More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0069 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  100 
 
 
235 aa  476  1e-133  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  39.58 
 
 
247 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.91 
 
 
314 aa  148  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  40.17 
 
 
339 aa  147  1e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.22 
 
 
241 aa  147  2e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.82 
 
 
306 aa  147  2e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  40.58 
 
 
215 aa  147  2e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.58 
 
 
215 aa  147  2e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  40.77 
 
 
315 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  43.97 
 
 
238 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.11 
 
 
311 aa  145  5e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.67 
 
 
311 aa  145  8e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  44.35 
 
 
241 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.95 
 
 
315 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.09224e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  42.25 
 
 
548 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  44.78 
 
 
241 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  41.81 
 
 
560 aa  143  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.39 
 
 
213 aa  142  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  40 
 
 
215 aa  141  1e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  39.47 
 
 
313 aa  141  1e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.56 
 
 
222 aa  141  1e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.77 
 
 
322 aa  139  3e-32  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.79 
 
 
305 aa  139  4e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.61 
 
 
326 aa  139  5e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  43.07 
 
 
222 aa  139  5e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  40 
 
 
320 aa  139  5e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17495e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.75 
 
 
219 aa  138  8e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  39.61 
 
 
215 aa  138  9e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 
331 aa  138  9e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  40 
 
 
320 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.01915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.01 
 
 
304 aa  137  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  37.34 
 
 
330 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.6 
 
 
296 aa  136  3e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.68 
 
 
304 aa  136  3e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  7.16198e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.94 
 
 
300 aa  136  3e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.28 
 
 
306 aa  135  4e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.12 
 
 
303 aa  135  4e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.81 
 
 
308 aa  135  6e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  40.53 
 
 
308 aa  135  8e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  38.39 
 
 
229 aa  134  9e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.19 
 
 
212 aa  134  1e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  39.57 
 
 
320 aa  134  1e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  6.97428e-06  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  36.32 
 
 
293 aa  134  1e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.9 
 
 
319 aa  134  1e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  40.87 
 
 
233 aa  134  2e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  40.09 
 
 
320 aa  133  2e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  5.84108e-09  hitchhiker  5.01686e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  38.89 
 
 
238 aa  133  2e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  37.99 
 
 
318 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  40 
 
 
318 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  5.92786e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.36 
 
 
360 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.28 
 
 
543 aa  132  4e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  42.64 
 
 
217 aa  132  4e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  39.39 
 
 
318 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  4.64709e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  38.27 
 
 
225 aa  132  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  35.37 
 
 
255 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 
310 aa  131  7e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.46 
 
 
300 aa  131  7e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  34.55 
 
 
241 aa  131  8e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.72 
 
 
307 aa  131  9e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.4 
 
 
296 aa  131  9e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  39.73 
 
 
304 aa  131  9e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.39 
 
 
302 aa  130  1e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.16 
 
 
305 aa  130  1e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  36.12 
 
 
243 aa  130  1e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.74 
 
 
244 aa  130  1e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.72 
 
 
302 aa  130  1e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.72 
 
 
302 aa  130  2e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  3.28194e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  38.53 
 
 
315 aa  130  2e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  36.27 
 
 
223 aa  130  2e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 
320 aa  130  2e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.33866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.83 
 
 
217 aa  130  2e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.72 
 
 
302 aa  130  2e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.69242e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 
211 aa  130  2e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 
302 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.85 
 
 
227 aa  129  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  37.17 
 
 
302 aa  129  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.12 
 
 
303 aa  129  3e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.72 
 
 
302 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  37.24 
 
 
225 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  34.7 
 
 
311 aa  129  3e-29  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  37.72 
 
 
302 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.72 
 
 
302 aa  130  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  7.62664e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.72 
 
 
302 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40417e-09 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.28 
 
 
302 aa  129  4e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.04 
 
 
318 aa  129  5e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  36.55 
 
 
329 aa  129  5e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  5.91979e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  39.02 
 
 
211 aa  129  5e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.07 
 
 
225 aa  129  5e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 
305 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 
305 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.51 
 
 
217 aa  128  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.77 
 
 
319 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.44921e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  32.76 
 
 
240 aa  128  8e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.07 
 
 
244 aa  128  9e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  35.96 
 
 
314 aa  128  9e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  40.2 
 
 
223 aa  128  9e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.3 
 
 
318 aa  128  9e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  39.32 
 
 
230 aa  128  9e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.65 
 
 
309 aa  127  1e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  38.67 
 
 
309 aa  127  1e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>