More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3588 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  56.1 
 
 
781 aa  727  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276593  decreased coverage  0.00464659 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3892  multi-sensor signal transduction histidine kinase  68.19 
 
 
762 aa  927  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.820879 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  68.37 
 
 
765 aa  949  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4526  multi-sensor signal transduction histidine kinase  68.16 
 
 
772 aa  966  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  65.83 
 
 
764 aa  963  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4001  histidine kinase  52.15 
 
 
774 aa  719  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32996e-06 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0593  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  68.78 
 
 
776 aa  969  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  68.19 
 
 
762 aa  926  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.235789  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  67.98 
 
 
765 aa  982  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341187  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3588  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
775 aa  1550  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0515  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  62.96 
 
 
780 aa  860  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.168108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.13 
 
 
800 aa  592  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  47.44 
 
 
800 aa  585  1e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3118  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.62 
 
 
817 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728829  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0041  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.32 
 
 
803 aa  581  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.44 
 
 
800 aa  581  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3176  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.51 
 
 
804 aa  582  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0148  nitrogen regulation protein NtrY, putative  46.26 
 
 
806 aa  578  1e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155051  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2281  putative nitrogen regulation protein NtrY  46.37 
 
 
802 aa  577  1e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0640916  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2359  putative nitrogen regulation protein NtrY  46.37 
 
 
802 aa  577  1e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.252159  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2799  putative nitrogen regulation protein NtrY  46.37 
 
 
802 aa  577  1e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0167  sensor histidine kinase  46.11 
 
 
802 aa  577  1e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.211147  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0157  sensor histidine kinase  46.11 
 
 
802 aa  577  1e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278492  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.33 
 
 
804 aa  574  1e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0352  sensor kinase protein  47.13 
 
 
787 aa  575  1e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.452742  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.33 
 
 
804 aa  574  1e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.537383  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.29 
 
 
812 aa  574  1e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6472  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.2 
 
 
804 aa  575  1e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3121  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.33 
 
 
804 aa  574  1e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655307  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0134  nitrogen regulation protein NtrY, putative  47.12 
 
 
787 aa  566  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.822432  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.19 
 
 
764 aa  554  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.866376 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.15 
 
 
770 aa  551  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.93 
 
 
718 aa  508  1e-142  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  42.76 
 
 
705 aa  476  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.59 
 
 
827 aa  446  1e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.22 
 
 
708 aa  448  1e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  5.83847e-05 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0077  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  50.09 
 
 
811 aa  448  1e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000219775  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.16 
 
 
823 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3349  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.35 
 
 
823 aa  435  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
744 aa  427  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.92 
 
 
729 aa  403  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.93 
 
 
710 aa  403  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  34.24 
 
 
734 aa  358  2e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
736 aa  355  3e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0199  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.7 
 
 
734 aa  349  1e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0023  nitrogen regulation protein NtrY, putative  35.33 
 
 
710 aa  346  9e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.736908  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0024  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 
736 aa  346  1e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10248 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  35.63 
 
 
712 aa  343  7e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 
725 aa  328  2e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2081  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 
816 aa  327  4e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
754 aa  258  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187529  normal  0.0210363 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
749 aa  259  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 
733 aa  254  4e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1679  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
760 aa  251  4e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.859765  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 
756 aa  248  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
746 aa  245  2e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
753 aa  245  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
748 aa  244  4e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  28.41 
 
 
748 aa  244  6e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
769 aa  242  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
756 aa  240  7e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
737 aa  239  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 
779 aa  239  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
738 aa  238  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  6.23284e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3361  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
756 aa  238  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
740 aa  238  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  32.08 
 
 
767 aa  238  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 
753 aa  238  5e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2344  two component signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
752 aa  235  2e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.19377e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 
741 aa  234  4e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.26 
 
 
752 aa  233  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 
845 aa  228  3e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
759 aa  226  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.45 
 
 
733 aa  224  6e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  26.42 
 
 
714 aa  223  8e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
757 aa  221  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414611  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.58 
 
 
779 aa  220  9e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
756 aa  217  6e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 
731 aa  216  9e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
736 aa  216  1e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.79 
 
 
757 aa  214  4e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  26.95 
 
 
759 aa  214  7e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  27.3 
 
 
774 aa  212  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
771 aa  210  8e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  27.03 
 
 
774 aa  209  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0704  sensor histidine kinase  25.68 
 
 
713 aa  209  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.2301  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 
753 aa  209  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 
763 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 
742 aa  207  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.14 
 
 
756 aa  206  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2579  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 
761 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838184  normal  0.345494 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0542  nitrogen regulation protein NtrY  25.39 
 
 
742 aa  205  3e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0128365  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 
756 aa  203  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2591  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
762 aa  201  4e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.682378  normal  0.0198144 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 
655 aa  201  6e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 
756 aa  200  9e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
768 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.513538  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
799 aa  194  6e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 
762 aa  194  8e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
814 aa  191  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0430544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>