More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3444 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 291 aa  595  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  76.98 
 
 		 295 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  75.52 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  72.95 
 
 		 292 aa  428  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  72.6 
 
 		 315 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  70.55 
 
 		 294 aa  419  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  72.41 
 
 		 292 aa  411  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  69.66 
 
 		 286 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  63.76 
 
 		 296 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  60.07 
 
 		 299 aa  345  5e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  60.62 
 
 		 289 aa  343  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0129  diaminopimelate epimerase  61.77 
 
 		 297 aa  343  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0648318 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  59.23 
 
 		 288 aa  337  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  59.93 
 
 		 288 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  58.62 
 
 		 286 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  58.76 
 
 		 287 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  62.37 
 
 		 276 aa  334  7.999999999999999e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  59.23 
 
 		 292 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  60.14 
 
 		 289 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  60.14 
 
 		 309 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  60.14 
 
 		 309 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  59.25 
 
 		 289 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  59.25 
 
 		 289 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  59.25 
 
 		 289 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  59.25 
 
 		 289 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  59.25 
 
 		 289 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  58.9 
 
 		 289 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  58.54 
 
 		 292 aa  332  6e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  59.79 
 
 		 309 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  58.22 
 
 		 387 aa  330  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  58.56 
 
 		 289 aa  329  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  60.56 
 
 		 282 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  57.49 
 
 		 290 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  57.39 
 
 		 277 aa  317  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0137  diaminopimelate epimerase  59.58 
 
 		 292 aa  316  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  56.34 
 
 		 308 aa  307  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  57.44 
 
 		 278 aa  301  1e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1723  Diaminopimelate epimerase  54.7 
 
 		 284 aa  301  1e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.714915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  54.7 
 
 		 277 aa  298  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2526  diaminopimelate epimerase  59.09 
 
 		 288 aa  295  9e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  56.45 
 
 		 277 aa  292  4e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2006  diaminopimelate epimerase  52.98 
 
 		 284 aa  288  8e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  53.85 
 
 		 281 aa  285  9e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  53.33 
 
 		 274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  53.47 
 
 		 277 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  55.25 
 
 		 278 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 275 aa  280  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 275 aa  279  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 275 aa  279  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 275 aa  279  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  52.63 
 
 		 274 aa  279  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 275 aa  279  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 274 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 274 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  52.45 
 
 		 276 aa  279  4e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 274 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 274 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 274 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 275 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 275 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  54.9 
 
 		 276 aa  278  7e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 275 aa  277  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 274 aa  277  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  52.65 
 
 		 278 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 276 aa  277  2e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 274 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  52.3 
 
 		 279 aa  276  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 276 aa  277  2e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  51.93 
 
 		 275 aa  277  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  52.61 
 
 		 276 aa  276  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  53.31 
 
 		 297 aa  276  4e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  53.31 
 
 		 288 aa  276  4e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  54.9 
 
 		 276 aa  275  8e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 274 aa  275  8e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  49.82 
 
 		 274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 274 aa  271  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  51.23 
 
 		 274 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  52.11 
 
 		 283 aa  270  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  51.92 
 
 		 276 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  51.92 
 
 		 276 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  51.07 
 
 		 269 aa  269  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  52.28 
 
 		 274 aa  268  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  49.15 
 
 		 293 aa  267  1e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  54.36 
 
 		 276 aa  268  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  50.87 
 
 		 279 aa  267  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  51.89 
 
 		 276 aa  265  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  48.58 
 
 		 274 aa  265  1e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  49.49 
 
 		 295 aa  263  3e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  48.43 
 
 		 276 aa  263  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  49.15 
 
 		 295 aa  263  4e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4129  diaminopimelate epimerase  54.06 
 
 		 280 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.583012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5499  diaminopimelate epimerase  51.92 
 
 		 276 aa  262  6e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  48.96 
 
 		 276 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>