153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2000 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2000  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 
321 aa  619  1e-176  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18395  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1710  anti-sigma-factor antagonist  69.81 
 
 
324 aa  440  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3857  anti-sigma-factor antagonist  41.01 
 
 
316 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0092  anti-sigma-factor antagonist  38.56 
 
 
317 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.896141  normal  0.463616 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  38.41 
 
 
314 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2503  anti-sigma-factor antagonist  38.44 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.244324 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1835  anti-sigma-factor antagonist  36.96 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2689  anti-sigma-factor antagonist  39.94 
 
 
314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.958123  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1239  anti-sigma-factor antagonist  37.69 
 
 
314 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.974707  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0787  anti-sigma-factor antagonist  40.19 
 
 
317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.135868 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2424  anti-sigma-factor antagonist  31.03 
 
 
317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  47.56 
 
 
261 aa  135  8e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0621  anti-sigma-factor antagonist  46.58 
 
 
377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0312248 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2635  anti-sigma-factor antagonist  52.14 
 
 
355 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3508  anti-sigma-factor antagonist  39.69 
 
 
359 aa  129  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3278  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 
318 aa  129  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  53.54 
 
 
341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  39.02 
 
 
357 aa  90.5  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2986  anti-sigma-factor antagonist  35.16 
 
 
341 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  33.51 
 
 
377 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  37.8 
 
 
388 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  38.36 
 
 
568 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  32.21 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  39.51 
 
 
559 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  37.59 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  41.67 
 
 
549 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  38.13 
 
 
272 aa  84  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  38.64 
 
 
430 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0052  anti-sigma-factor antagonist  29.33 
 
 
350 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  27.13 
 
 
371 aa  83.2  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0116  anti-sigma-factor antagonist  36.42 
 
 
357 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00357246  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  39.04 
 
 
428 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  44.9 
 
 
429 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  35.56 
 
 
510 aa  80.5  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  29.37 
 
 
365 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  30.16 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  40.16 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  36.03 
 
 
538 aa  77.4  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  37.4 
 
 
358 aa  77  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  35.2 
 
 
638 aa  76.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  37.7 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  32.89 
 
 
290 aa  76.3  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  27.01 
 
 
362 aa  76.3  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4490  anti-sigma-factor antagonist  32.62 
 
 
511 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.30603  decreased coverage  0.000741245 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1037  putative PAS/PAC sensor protein  30.87 
 
 
484 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1856  anti-sigma-factor antagonist  27.4 
 
 
365 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.616563 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  34.72 
 
 
653 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  37.84 
 
 
562 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6567  anti-sigma-factor antagonist  37.32 
 
 
286 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967653  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  36.75 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  38.21 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  36.59 
 
 
282 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  32.35 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  35.77 
 
 
653 aa  72.8  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  32.85 
 
 
689 aa  72.8  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  35.43 
 
 
509 aa  72.8  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0409  putative PAS/PAC sensor protein  32 
 
 
492 aa  72.4  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4698  anti-sigma-factor antagonist  27.89 
 
 
363 aa  72.4  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  32.7 
 
 
385 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  34.92 
 
 
252 aa  72.4  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2421  anti-sigma-factor antagonist  32.91 
 
 
523 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 
308 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0868  anti-sigma-factor antagonist  32.62 
 
 
506 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121741 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  36.43 
 
 
288 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0141  anti-sigma-factor antagonist  38.18 
 
 
298 aa  70.5  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0116373  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  39.39 
 
 
286 aa  70.5  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  34.65 
 
 
275 aa  70.9  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  37.29 
 
 
279 aa  70.1  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  35.34 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  27.02 
 
 
361 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  35.04 
 
 
433 aa  70.1  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  32.5 
 
 
372 aa  70.1  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  35.77 
 
 
288 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  35.38 
 
 
293 aa  69.7  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
655 aa  69.3  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  34.62 
 
 
295 aa  68.9  0.00000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  38 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2322  anti-sigma-factor antagonist  37.96 
 
 
521 aa  68.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  33.06 
 
 
283 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  36 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  29.66 
 
 
231 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  34.11 
 
 
281 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  32.87 
 
 
667 aa  67.4  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  35.96 
 
 
285 aa  67  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  38.95 
 
 
653 aa  67  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  35.4 
 
 
283 aa  67  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  35.92 
 
 
271 aa  66.6  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0577  anti-sigma-factor antagonist  30.34 
 
 
385 aa  66.6  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2931  anti-sigma-factor antagonist  32.08 
 
 
338 aa  65.9  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353591  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  32.52 
 
 
694 aa  65.9  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  33.33 
 
 
286 aa  65.5  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  33.08 
 
 
439 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3476  anti-sigma-factor antagonist  28.26 
 
 
380 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.837777  normal  0.282412 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
306 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  33.58 
 
 
445 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  34.95 
 
 
271 aa  65.1  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  34.96 
 
 
287 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  34.68 
 
 
291 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 
323 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1708  putative PAS/PAC sensor protein  25.32 
 
 
444 aa  63.9  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>