158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0787 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0787  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 
317 aa  607  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.135868 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1239  anti-sigma-factor antagonist  61.54 
 
 
314 aa  319  3.9999999999999996e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.974707  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0092  anti-sigma-factor antagonist  50.95 
 
 
317 aa  266  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.896141  normal  0.463616 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1710  anti-sigma-factor antagonist  41.85 
 
 
324 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2000  anti-sigma-factor antagonist  40.38 
 
 
321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18395  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3857  anti-sigma-factor antagonist  42.59 
 
 
316 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  43.26 
 
 
314 aa  175  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2689  anti-sigma-factor antagonist  42.33 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.958123  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2503  anti-sigma-factor antagonist  43.12 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.244324 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  40.37 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0621  anti-sigma-factor antagonist  53.74 
 
 
377 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0312248 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3508  anti-sigma-factor antagonist  53.38 
 
 
359 aa  155  7e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  59.52 
 
 
341 aa  149  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1835  anti-sigma-factor antagonist  37.08 
 
 
331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3278  anti-sigma-factor antagonist  30.72 
 
 
318 aa  132  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2635  anti-sigma-factor antagonist  41.18 
 
 
355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2424  anti-sigma-factor antagonist  31.17 
 
 
317 aa  122  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2986  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 
341 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0116  anti-sigma-factor antagonist  43.9 
 
 
357 aa  96.3  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00357246  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  29 
 
 
388 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  39.08 
 
 
385 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2296  anti-sigma-factor antagonist  32.12 
 
 
342 aa  90.9  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0948081  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0052  anti-sigma-factor antagonist  29.41 
 
 
350 aa  90.1  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  39.87 
 
 
357 aa  89.4  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  37.35 
 
 
362 aa  89  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  39.74 
 
 
372 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  42.22 
 
 
439 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  34.04 
 
 
377 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 
445 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  40.99 
 
 
428 aa  85.9  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2659  anti-sigma-factor antagonist  52.34 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.629784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  40.13 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0179  anti-sigma-factor antagonist  28.36 
 
 
359 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00135922 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  41.27 
 
 
315 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  39.57 
 
 
306 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  33.13 
 
 
361 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  40.85 
 
 
428 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0141  anti-sigma-factor antagonist  42.24 
 
 
298 aa  83.2  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0116373  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  40.85 
 
 
430 aa  83.2  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4490  anti-sigma-factor antagonist  36.96 
 
 
511 aa  83.2  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.30603  decreased coverage  0.000741245 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  41.07 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  39.58 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  42.28 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0268  anti-sigma-factor antagonist  27.38 
 
 
363 aa  81.6  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0598617 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3688  anti-sigma-factor antagonist  27.71 
 
 
350 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0109455  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
429 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2322  anti-sigma-factor antagonist  42.06 
 
 
521 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2421  anti-sigma-factor antagonist  36.24 
 
 
523 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  39.49 
 
 
559 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  38.64 
 
 
568 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  39.39 
 
 
288 aa  80.9  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  36.77 
 
 
272 aa  79.7  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0221  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 
366 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
433 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 
290 aa  80.1  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  34.62 
 
 
271 aa  80.1  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  40.54 
 
 
562 aa  79.3  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0868  anti-sigma-factor antagonist  35.51 
 
 
506 aa  79.3  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121741 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  39.39 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  43.7 
 
 
653 aa  79.3  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  37.7 
 
 
271 aa  79  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  42.06 
 
 
288 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  39.53 
 
 
509 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  36.59 
 
 
279 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  37.7 
 
 
282 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  40.13 
 
 
653 aa  78.2  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2210  anti-sigma-factor antagonist  40.87 
 
 
580 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  44.25 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  38.06 
 
 
281 aa  77.4  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  37.58 
 
 
231 aa  77.4  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  37.78 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0590  anti-sigma-factor antagonist  36.13 
 
 
549 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.82 
 
 
285 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  40.95 
 
 
275 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  36.72 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  37.4 
 
 
638 aa  76.3  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  36.59 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  43 
 
 
293 aa  75.9  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  40.37 
 
 
376 aa  75.9  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  40.91 
 
 
284 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  31.43 
 
 
371 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  40.74 
 
 
358 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  42.37 
 
 
323 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  34.44 
 
 
312 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  32.67 
 
 
325 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  39.29 
 
 
667 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0409  putative PAS/PAC sensor protein  31.65 
 
 
492 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  44.55 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  41.58 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 
286 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  46.67 
 
 
295 aa  75.1  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  39.34 
 
 
285 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4158  anti-sigma-factor antagonist  35.15 
 
 
556 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6446  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  40.59 
 
 
292 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1894  anti-sigma-factor antagonist  30.05 
 
 
344 aa  73.9  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  36.89 
 
 
288 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  39.64 
 
 
272 aa  73.9  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 
252 aa  73.6  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  40.91 
 
 
286 aa  72.8  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  42.16 
 
 
288 aa  72.4  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>