165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0092 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0092  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 
317 aa  617  1e-176  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.896141  normal  0.463616 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1239  anti-sigma-factor antagonist  52.4 
 
 
314 aa  268  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.974707  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0787  anti-sigma-factor antagonist  51.41 
 
 
317 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.135868 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3857  anti-sigma-factor antagonist  41.69 
 
 
316 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  41.48 
 
 
314 aa  202  5e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1710  anti-sigma-factor antagonist  39.32 
 
 
324 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2503  anti-sigma-factor antagonist  40.95 
 
 
314 aa  192  7e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.244324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2000  anti-sigma-factor antagonist  38.56 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18395  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2689  anti-sigma-factor antagonist  40.13 
 
 
314 aa  172  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.958123  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3508  anti-sigma-factor antagonist  54.43 
 
 
359 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1835  anti-sigma-factor antagonist  37.19 
 
 
331 aa  159  7e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0621  anti-sigma-factor antagonist  53.42 
 
 
377 aa  156  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0312248 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  50.64 
 
 
261 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3278  anti-sigma-factor antagonist  33.44 
 
 
318 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2424  anti-sigma-factor antagonist  37.45 
 
 
317 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  53.17 
 
 
341 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2635  anti-sigma-factor antagonist  49.62 
 
 
355 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2986  anti-sigma-factor antagonist  31.14 
 
 
341 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0116  anti-sigma-factor antagonist  37.11 
 
 
357 aa  93.2  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00357246  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  42.48 
 
 
428 aa  91.7  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  40.29 
 
 
439 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2296  anti-sigma-factor antagonist  28.98 
 
 
342 aa  90.9  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0948081  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  36.14 
 
 
362 aa  90.5  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4490  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 
511 aa  90.5  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.30603  decreased coverage  0.000741245 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  37.22 
 
 
372 aa  89  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 
388 aa  89  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0052  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 
350 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  38.85 
 
 
445 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  41.54 
 
 
428 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  34.57 
 
 
357 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  33.5 
 
 
377 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  34.18 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  39.19 
 
 
430 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  35.83 
 
 
299 aa  84.7  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  31.9 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2659  anti-sigma-factor antagonist  49.18 
 
 
342 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.629784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  41.44 
 
 
562 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  44.64 
 
 
429 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  29.61 
 
 
361 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  35.17 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  36.31 
 
 
653 aa  82.4  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0868  anti-sigma-factor antagonist  37.04 
 
 
506 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  35.16 
 
 
306 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  44.55 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  36.49 
 
 
280 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  28.11 
 
 
371 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  38.26 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  36.78 
 
 
568 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  35.44 
 
 
653 aa  80.1  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  38.89 
 
 
286 aa  80.1  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  36.6 
 
 
358 aa  80.1  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  37.12 
 
 
288 aa  79.3  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  40.59 
 
 
292 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0221  anti-sigma-factor antagonist  34.93 
 
 
366 aa  79  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 
288 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  36.78 
 
 
559 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2421  anti-sigma-factor antagonist  36.11 
 
 
523 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  32.64 
 
 
667 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  35.25 
 
 
271 aa  77.8  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  39.6 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  35.16 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  39.6 
 
 
292 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  33.82 
 
 
509 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  36.72 
 
 
283 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  37.7 
 
 
281 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  31.64 
 
 
361 aa  77.4  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  37.84 
 
 
275 aa  77  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  37.12 
 
 
288 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  36.07 
 
 
282 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1856  anti-sigma-factor antagonist  30.39 
 
 
365 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.616563 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  36.43 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  35.61 
 
 
290 aa  76.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0268  anti-sigma-factor antagonist  27.65 
 
 
363 aa  76.6  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0598617 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  34.35 
 
 
279 aa  76.6  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 
285 aa  76.3  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  36.75 
 
 
293 aa  75.9  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  35.61 
 
 
288 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  35.34 
 
 
312 aa  75.9  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  33.08 
 
 
295 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  35.85 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  31.37 
 
 
325 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  35.07 
 
 
538 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  38.18 
 
 
284 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  36.94 
 
 
283 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  36.94 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  38.74 
 
 
272 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  34.21 
 
 
271 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  33.59 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 
252 aa  73.9  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  38.1 
 
 
285 aa  73.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  35.34 
 
 
638 aa  73.6  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  44.79 
 
 
655 aa  73.2  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  33.85 
 
 
510 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  42.55 
 
 
653 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  32.03 
 
 
433 aa  72.8  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  37.14 
 
 
284 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  36.75 
 
 
421 aa  72  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  35.07 
 
 
231 aa  72  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0179  anti-sigma-factor antagonist  31.29 
 
 
359 aa  71.6  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00135922 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3688  anti-sigma-factor antagonist  29.67 
 
 
350 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0109455  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>