More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2108 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2108  porin signal peptide protein  100 
 
 		 381 aa  764    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0434327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  64.49 
 
 		 383 aa  497  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  62.99 
 
 		 381 aa  487  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  61.1 
 
 		 383 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02026  porin signal peptide protein  60.38 
 
 		 382 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.555277 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  54.87 
 
 		 394 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4948  porin Gram-negative type  56.75 
 
 		 386 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0530377  normal  0.0846854 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1699  OmpC family outer membrane porin  56.82 
 
 		 386 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0712335  normal  0.645361 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1989  porin Gram-negative type  53.57 
 
 		 385 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.508045 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  51.82 
 
 		 383 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  53.2 
 
 		 396 aa  396  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  54.06 
 
 		 394 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  53.63 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  53.63 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  53.63 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  53.63 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  53.63 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  53.37 
 
 		 414 aa  386  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  53.63 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  53.63 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4037  porin  53.15 
 
 		 384 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.27779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1234  outer membrane protein (porin)  53.83 
 
 		 384 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4495  porin  52.88 
 
 		 384 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5697  porin  53.55 
 
 		 384 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00705206 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3761  porin  53.55 
 
 		 384 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192618  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4607  porin  53.55 
 
 		 384 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192363  normal  0.0218853 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4039  porin  52.46 
 
 		 384 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.473466 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7454  outer membrane protein (porin)  46.07 
 
 		 383 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6314  porin  49.34 
 
 		 377 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0393  OmpC family outer membrane porin  44.53 
 
 		 386 aa  325  7e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  45.62 
 
 		 391 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0215  outer membrane porin OpcP  46.98 
 
 		 382 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  46.53 
 
 		 381 aa  298  8e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  45.82 
 
 		 383 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  45.57 
 
 		 383 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  45.36 
 
 		 379 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  45.36 
 
 		 379 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  45.36 
 
 		 379 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  45.36 
 
 		 379 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  45.1 
 
 		 379 aa  293  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  45.1 
 
 		 379 aa  291  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0524  porin  46.23 
 
 		 374 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000201406  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  45.92 
 
 		 381 aa  286  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6482  porin  44.81 
 
 		 382 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6717  porin  44.81 
 
 		 382 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.653963  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  43.72 
 
 		 389 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  43.72 
 
 		 389 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  46.06 
 
 		 381 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  43.46 
 
 		 389 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2395  porin  45.19 
 
 		 379 aa  279  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  45.73 
 
 		 383 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  45.73 
 
 		 383 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  44.16 
 
 		 381 aa  277  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0475  Outer membrane protein (porin)  45.69 
 
 		 389 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0924719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  45.23 
 
 		 383 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4838  porin  42.26 
 
 		 385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000248162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  44.97 
 
 		 383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3481  porin Gram-negative type  45.17 
 
 		 389 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00201616  hitchhiker  0.00388153 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  43.81 
 
 		 385 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  43.56 
 
 		 385 aa  272  7e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0849  OmpC family outer membrane porin  43.16 
 
 		 384 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153062  normal  0.0195066 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0863  porin  43.37 
 
 		 380 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000949722  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6531  porin Gram-negative type  45.04 
 
 		 395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  42.68 
 
 		 389 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0875  outer membrane insertion C-terminal signal  42.86 
 
 		 380 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1643  outer membrane porin OpcP  42.93 
 
 		 384 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5966  porin  41.69 
 
 		 380 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.084261 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  43.38 
 
 		 383 aa  266  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1157  porin  42.37 
 
 		 379 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  43.12 
 
 		 383 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0599  putative outer membrane porin  42.42 
 
 		 384 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2331  outer membrane porin OpcP  42.42 
 
 		 384 aa  262  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1836  putative outer membrane porin  42.42 
 
 		 384 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0345511  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1029  outer membrane porin  42.42 
 
 		 384 aa  262  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0869  putative outer membrane porin  42.42 
 
 		 384 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1115  outer membrane porin  42.42 
 
 		 384 aa  262  8e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  42.11 
 
 		 436 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  42.11 
 
 		 386 aa  259  8e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  42.11 
 
 		 386 aa  259  8e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2385  outer membrane protein (porin)  42.9 
 
 		 375 aa  259  8e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  42.11 
 
 		 386 aa  259  8e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  42.11 
 
 		 386 aa  259  8e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  42.11 
 
 		 386 aa  259  8e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  42.11 
 
 		 436 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  41.19 
 
 		 384 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  41.85 
 
 		 386 aa  256  6e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0370  OmpC family outer membrane porin  42.13 
 
 		 389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2400  OmpC family outer membrane porin  40.45 
 
 		 390 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  41.25 
 
 		 375 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  40.76 
 
 		 380 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  41.16 
 
 		 380 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  40.91 
 
 		 380 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2827  outer membrane porin OpcP  41.48 
 
 		 375 aa  248  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  41.01 
 
 		 380 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  40.4 
 
 		 380 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  40.73 
 
 		 375 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0103  outer membrane porin OpcP  42.18 
 
 		 411 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.660902  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  40.73 
 
 		 375 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  41.01 
 
 		 380 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  42.09 
 
 		 377 aa  245  9e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>