More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2031 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2031  radical SAM family protein  100 
 
 		 481 aa  976    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1460  radical SAM domain-containing protein  24.23 
 
 		 461 aa  94.4  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000686349  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  26.63 
 
 		 460 aa  92.8  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2456  radical SAM domain-containing protein  24.12 
 
 		 470 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0871  radical SAM domain-containing protein  24.61 
 
 		 489 aa  90.1  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.128121  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0762  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 		 476 aa  89.7  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.502838  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 		 489 aa  89.7  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3461  radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 476 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.361209 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6677  radical SAM family protein  26.65 
 
 		 470 aa  86.7  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2308  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 476 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 		 452 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0105  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.287918  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2944  radical SAM domain-containing protein  24.51 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.388692  normal  0.122709 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  23.01 
 
 		 439 aa  84.3  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2476  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 		 476 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.187942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0109  Radical SAM domain protein  34.07 
 
 		 465 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2372  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 		 463 aa  81.3  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.545422  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2423  radical SAM family protein  26.4 
 
 		 473 aa  81.6  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000017109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0534  Radical SAM domain protein  23.22 
 
 		 447 aa  81.3  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00011095  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1704  radical SAM domain-containing protein  35.33 
 
 		 485 aa  81.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.347799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4919  Radical SAM domain protein  25.19 
 
 		 476 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000220499  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2974  radical SAM family protein  29.17 
 
 		 477 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3029  radical SAM family protein  31.91 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0038885  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3364  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 		 484 aa  80.5  0.00000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.155713  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0945  Radical SAM domain protein  30.85 
 
 		 453 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00793831  normal  0.0982171 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1008  Radical SAM domain protein  26.25 
 
 		 460 aa  79.3  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 		 458 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0623  Radical SAM domain protein  23.56 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000646743  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0679  Radical SAM domain protein  24.53 
 
 		 462 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  22.87 
 
 		 450 aa  77.4  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4137  Radical SAM domain protein  24.63 
 
 		 430 aa  77  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0069  Radical SAM domain protein  23.88 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000122492  hitchhiker  0.00745391 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2198  radical SAM domain-containing protein  22.89 
 
 		 457 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4047  Radical SAM domain protein  24.17 
 
 		 403 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1754  Radical SAM domain protein  22.55 
 
 		 447 aa  75.9  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0305986  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2101  Radical SAM domain protein  22.71 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1909  radical SAM domain-containing protein  22.89 
 
 		 450 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00558063  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  24.14 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2651  Radical SAM domain protein  27.11 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.135076 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2600  Radical SAM domain protein  25.08 
 
 		 486 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1837  Radical SAM domain protein  29.53 
 
 		 518 aa  74.3  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.654863  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3007  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 		 431 aa  73.6  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.486348 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0147  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 507 aa  73.6  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0563  radical SAM domain-containing protein  24.73 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1270  radical SAM domain-containing protein  35.11 
 
 		 344 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.391836  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 399 aa  72.8  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3390  radical SAM domain-containing protein  24.19 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.106597 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3560  radical SAM domain-containing protein  24.73 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.291344 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  35.11 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0433  radical SAM domain-containing protein  36.36 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.293902  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3298  radical SAM domain-containing protein  23.14 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000268991  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0039  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.78 
 
 		 396 aa  70.5  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499783  hitchhiker  0.00726967 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0040  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.78 
 
 		 395 aa  70.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2110  radical SAM domain protein  22.78 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73629  normal  0.549751 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6916  hypothetical protein  32.87 
 
 		 399 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1676  radical SAM domain-containing protein  22.49 
 
 		 385 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3930  hypothetical protein  24.2 
 
 		 414 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.298545  normal  0.584174 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0041  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.48 
 
 		 395 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1364  radical SAM domain-containing protein  21.83 
 
 		 460 aa  68.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.458082  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1246  radical SAM family protein  26.88 
 
 		 432 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0936067  normal  0.0177716 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1687  radical SAM domain-containing protein  22.49 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2677  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 		 464 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.773927  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4347  radical SAM domain-containing protein  30.81 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1017  Radical SAM domain protein  32.59 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04221  putative arylsulfatase regulatory protein  23.65 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 375 aa  68.9  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01455  hypothetical protein  21.83 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2149  Radical SAM domain protein  21.83 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.967723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2160  radical SAM domain-containing protein  21.83 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01468  hypothetical protein  21.83 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1582  radical SAM domain-containing protein  21.83 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.28073  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2206  radical SAM domain-containing protein  25.2 
 
 		 456 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000327652  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0328  Radical SAM domain protein  27.89 
 
 		 468 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  25.46 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0597  putative arylsulfatase regulatory protein  22.08 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3080  arylsulfatase regulator  22.54 
 
 		 438 aa  67  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  0.0699226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0041  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.18 
 
 		 396 aa  67  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0795005 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.25 
 
 		 496 aa  66.6  0.0000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2981  Radical SAM domain protein  26.76 
 
 		 477 aa  66.6  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0847138  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  22.94 
 
 		 316 aa  66.6  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0884  radical SAM domain-containing protein  33.12 
 
 		 510 aa  66.6  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.699879  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2595  Radical SAM domain protein  29.08 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0848982 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1758  Radical SAM domain protein  22.22 
 
 		 395 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.224574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  28.72 
 
 		 379 aa  65.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1605  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 		 410 aa  65.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13217  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  23.56 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0616  anaerobic sulfatase-maturase  20.87 
 
 		 370 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.512735  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1441  Radical SAM domain protein  21.94 
 
 		 474 aa  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  26.27 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2370  Radical SAM domain protein  26.57 
 
 		 462 aa  65.5  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0685  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 		 499 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00827758 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  29.21 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0417  radical SAM family protein  23.08 
 
 		 457 aa  64.7  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1479  Radical SAM domain protein  22.85 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1683  radical SAM family protein  26.1 
 
 		 460 aa  64.7  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0946  Radical SAM domain protein  30.22 
 
 		 492 aa  64.3  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.21013  normal  0.166002 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0479  radical SAM domain-containing protein  22.25 
 
 		 471 aa  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3467  arylsulfatase-activating protein AtsB  22.91 
 
 		 394 aa  64.3  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.904338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  23.32 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>