More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3461 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3461  radical SAM domain protein  100 
 
 		 476 aa  994    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.361209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2944  radical SAM domain-containing protein  96.64 
 
 		 476 aa  971    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.388692  normal  0.122709 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0762  Radical SAM domain protein  72.42 
 
 		 476 aa  749    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.502838  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2476  radical SAM domain-containing protein  97.69 
 
 		 476 aa  976    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.187942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2308  radical SAM domain-containing protein  98.95 
 
 		 476 aa  985    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2981  Radical SAM domain protein  58.69 
 
 		 477 aa  566  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0847138  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2974  radical SAM family protein  55.93 
 
 		 477 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1704  radical SAM domain-containing protein  55.93 
 
 		 485 aa  556  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.347799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3029  radical SAM family protein  36.67 
 
 		 484 aa  315  9.999999999999999e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0038885  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6677  radical SAM family protein  30.33 
 
 		 470 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  28.63 
 
 		 460 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2198  radical SAM domain-containing protein  29.54 
 
 		 457 aa  192  1e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0534  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 		 447 aa  192  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00011095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1909  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 		 450 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00558063  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  26.21 
 
 		 450 aa  189  8e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2423  radical SAM family protein  29.84 
 
 		 473 aa  186  9e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000017109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1460  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 		 461 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000686349  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0679  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 		 462 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1008  Radical SAM domain protein  28.63 
 
 		 460 aa  182  2e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3298  radical SAM domain-containing protein  27.29 
 
 		 450 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000268991  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  32.27 
 
 		 458 aa  173  5e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  32.3 
 
 		 452 aa  173  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2206  radical SAM domain-containing protein  31.35 
 
 		 456 aa  171  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000327652  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0109  Radical SAM domain protein  31.14 
 
 		 465 aa  167  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0623  Radical SAM domain protein  27.03 
 
 		 453 aa  162  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000646743  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0871  radical SAM domain-containing protein  25.36 
 
 		 489 aa  161  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.128121  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 489 aa  159  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2372  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 		 463 aa  151  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.545422  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4919  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 		 476 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000220499  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0069  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 452 aa  146  6e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000122492  hitchhiker  0.00745391 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1754  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 		 447 aa  140  6e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0305986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0945  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 		 453 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00793831  normal  0.0982171 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0946  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 		 492 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.21013  normal  0.166002 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 439 aa  131  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4137  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 		 430 aa  120  7e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0678  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 		 464 aa  119  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.628302  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4047  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 		 403 aa  118  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1837  Radical SAM domain protein  24.82 
 
 		 518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.654863  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2600  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2677  radical SAM domain-containing protein  36.08 
 
 		 464 aa  107  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.773927  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2370  Radical SAM domain protein  34.93 
 
 		 462 aa  99.8  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0417  radical SAM family protein  26.01 
 
 		 457 aa  98.6  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1441  Radical SAM domain protein  25.94 
 
 		 474 aa  97.1  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1741  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 728 aa  95.1  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0185422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1246  radical SAM family protein  28.02 
 
 		 432 aa  94.7  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0936067  normal  0.0177716 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0328  Radical SAM domain protein  24.33 
 
 		 468 aa  93.6  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1962  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 		 436 aa  93.6  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3234  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 		 397 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0687  radical SAM domain-containing protein  23.3 
 
 		 481 aa  92.4  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0912  Radical SAM domain protein  26.89 
 
 		 367 aa  92.4  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0100915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1364  radical SAM domain-containing protein  37.14 
 
 		 460 aa  90.5  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.458082  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6683  Radical SAM domain protein  23.65 
 
 		 428 aa  89.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.630813  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4179  Radical SAM domain protein  24.65 
 
 		 411 aa  89  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000042782  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1446  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 443 aa  88.2  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2031  radical SAM family protein  24.93 
 
 		 481 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2722  Radical SAM domain protein  26.7 
 
 		 487 aa  88.2  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2456  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 470 aa  88.2  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1520  radical SAM domain-containing protein  25.58 
 
 		 351 aa  86.7  8e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2359  radical SAM domain-containing protein  26.56 
 
 		 450 aa  86.7  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.288415  hitchhiker  0.00183234 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4206  radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 		 411 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000150338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1381  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.65 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1961  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4019  arylsulfatase-activating protein AslB  24.31 
 
 		 411 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197695  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0575  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 434 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000310  arylsulfatase regulator  30.85 
 
 		 433 aa  84.3  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0418  radical SAM domain-containing protein  22.73 
 
 		 431 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2395  Radical SAM domain protein  24.44 
 
 		 394 aa  84  0.000000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0479  radical SAM domain-containing protein  23.91 
 
 		 471 aa  84  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3364  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 		 484 aa  83.6  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.155713  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2069  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.23 
 
 		 398 aa  83.6  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256382 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0515  radical SAM domain-containing protein  26.26 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000107878  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1098  arylsulfatase regulator (Fe-S oxidoreductase)-like protein  26.3 
 
 		 275 aa  83.6  0.000000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.852177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1398  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.01 
 
 		 398 aa  83.2  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00310802 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1414  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.01 
 
 		 398 aa  83.2  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.634455  normal  0.453788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1683  radical SAM family protein  25.07 
 
 		 460 aa  83.2  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5236  arylsulfatase-activating protein AslB  24.31 
 
 		 411 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000331519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4165  arylsulfatase-activating protein AslB  23.22 
 
 		 411 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000104917  normal  0.969874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1888  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.23 
 
 		 398 aa  82.8  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.422634  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2425  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 434 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.200383  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2157  radical SAM domain-containing protein  24.47 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4314  arylsulfatase-activating protein AslB  23.06 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133586  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4120  arylsulfatase-activating protein AslB  23.06 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000574144  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2899  Radical SAM domain protein  31.51 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1267  radical SAM family protein  25.2 
 
 		 473 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361932  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3560  radical SAM domain-containing protein  23.38 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.291344 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03675  predicted regulator of arylsulfatase activity  22.68 
 
 		 411 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00136934  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03624  hypothetical protein  22.68 
 
 		 411 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00100971  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5726  radical SAM domain-containing protein  31.87 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.559875 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1732  radical SAM domain-containing protein  24.25 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0603581  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2391  Radical SAM domain protein  34.04 
 
 		 446 aa  79  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000244115  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  28.06 
 
 		 496 aa  77  0.0000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0563  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3390  radical SAM domain-containing protein  22.6 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.106597 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3080  arylsulfatase regulator  24.02 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  0.0699226 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3221  radical SAM domain-containing protein  26.94 
 
 		 484 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.726288  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1457  radical SAM domain-containing protein  35.04 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1502  radical SAM domain-containing protein  35.04 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0399675  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 800 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0105  radical SAM domain-containing protein  30.67 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.287918  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4972  putative arylsulfatase regulatory protein  25.82 
 
 		 370 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>