More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4347 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4347  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 413 aa  843    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3007  Radical SAM domain protein  34.31 
 
 		 431 aa  212  7e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.486348 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0901  Radical SAM domain protein  31.33 
 
 		 414 aa  203  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.912701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2646  radical SAM family protein  27.68 
 
 		 723 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5726  radical SAM domain-containing protein  26.47 
 
 		 414 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.559875 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1605  Radical SAM domain protein  27.79 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0440  Radical SAM domain protein  30.22 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.64062 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2157  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 		 402 aa  119  7e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6916  hypothetical protein  25.82 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2654  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 		 781 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0138301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0512  Radical SAM domain protein  26.19 
 
 		 815 aa  116  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.663169  normal  0.326238 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6513  Radical SAM domain protein  28.72 
 
 		 418 aa  109  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.214971 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1008  Radical SAM domain protein  22.87 
 
 		 370 aa  103  8e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01455  hypothetical protein  22.98 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2149  Radical SAM domain protein  22.98 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.967723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2160  radical SAM domain-containing protein  22.98 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7955  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 794 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.025578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1582  radical SAM domain-containing protein  22.98 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.28073  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01468  hypothetical protein  22.98 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1676  radical SAM domain-containing protein  23.28 
 
 		 385 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1398  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  22.39 
 
 		 398 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00310802 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3149  putative sulfatase regulator  24.17 
 
 		 391 aa  97.1  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.997665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1264  putative sulfatase regulator  24.17 
 
 		 391 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1414  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  22.39 
 
 		 398 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.634455  normal  0.453788 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1687  radical SAM domain-containing protein  22.72 
 
 		 385 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2069  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  22.14 
 
 		 398 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256382 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2110  radical SAM domain protein  22.45 
 
 		 385 aa  96.3  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73629  normal  0.549751 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1379  radical SAM domain-containing protein  23.47 
 
 		 391 aa  95.9  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2595  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 397 aa  95.1  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0848982 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3987  arylsulfatase regulator (Fe-S oxidoreductase)  24.24 
 
 		 383 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4197  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  23.75 
 
 		 431 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4353  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  23.75 
 
 		 431 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1507  radical SAM domain-containing protein  22.9 
 
 		 381 aa  93.6  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4293  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  23.81 
 
 		 431 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1381  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  21.88 
 
 		 398 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4174  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  23.75 
 
 		 447 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1888  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  21.88 
 
 		 398 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.422634  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2479  radical SAM domain-containing protein  24.79 
 
 		 436 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.657358  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3080  arylsulfatase regulator  24.31 
 
 		 438 aa  92  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  0.0699226 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3003  radical SAM domain-containing protein  24.79 
 
 		 436 aa  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00234995  hitchhiker  0.0000159012 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3930  hypothetical protein  26.12 
 
 		 414 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.298545  normal  0.584174 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1084  Radical SAM domain protein  24.29 
 
 		 444 aa  92  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.316514  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2577  radical SAM domain-containing protein  24.79 
 
 		 436 aa  91.3  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4246  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  23.5 
 
 		 431 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.598382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0376  Radical SAM domain protein  24.06 
 
 		 368 aa  90.5  5e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0616  anaerobic sulfatase-maturase  23.28 
 
 		 370 aa  89.4  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.512735  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2994  Radical SAM domain protein  24.27 
 
 		 366 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00145585  normal  0.391108 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0041  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  21.85 
 
 		 395 aa  87  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0039  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  22.08 
 
 		 396 aa  86.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499783  hitchhiker  0.00726967 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0040  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  22.08 
 
 		 395 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0563  radical SAM domain-containing protein  22.19 
 
 		 435 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0041  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  21.59 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0795005 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3390  radical SAM domain-containing protein  22.19 
 
 		 435 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.106597 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3560  radical SAM domain-containing protein  22.14 
 
 		 435 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.291344 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0039  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  21.97 
 
 		 398 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003598  arylsulfatase regulator  22.33 
 
 		 440 aa  84  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.527576  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0912  Radical SAM domain protein  24.86 
 
 		 367 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0100915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000310  arylsulfatase regulator  21.72 
 
 		 433 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1532  Radical SAM domain protein  23.36 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.171129  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3372  arylsulfatase-activating protein AtsB  27.05 
 
 		 394 aa  80.9  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3467  arylsulfatase-activating protein AtsB  26.71 
 
 		 394 aa  80.9  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.904338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3234  radical SAM domain-containing protein  25.32 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4972  putative arylsulfatase regulatory protein  24.66 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3029  radical SAM family protein  29.39 
 
 		 484 aa  79.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0038885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3365  arylsulfatase-activating protein AtsB  26.71 
 
 		 394 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.812959 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1479  Radical SAM domain protein  22.89 
 
 		 414 aa  79  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1683  radical SAM family protein  27.78 
 
 		 460 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0932  putative sulfatase regulator  25 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  32.69 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0985  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3367  putative sulfatase regulator  24.24 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.917343 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3298  arylsulfatase-activating protein AtsB  26.71 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2101  Radical SAM domain protein  22.16 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2436  Radical SAM domain protein  21.78 
 
 		 407 aa  76.3  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2031  radical SAM family protein  32.43 
 
 		 481 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2465  radical SAM domain-containing protein  26.58 
 
 		 378 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  29.03 
 
 		 439 aa  76.3  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 458 aa  74.3  0.000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3282  Radical SAM domain protein  23.18 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1732  radical SAM domain-containing protein  20.65 
 
 		 393 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0603581  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2372  Radical SAM domain protein  32.35 
 
 		 463 aa  73.2  0.000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.545422  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4179  Radical SAM domain protein  21.71 
 
 		 411 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000042782  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4206  radical SAM domain-containing protein  20.98 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000150338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0105  radical SAM domain-containing protein  30.97 
 
 		 290 aa  72  0.00000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.287918  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4019  arylsulfatase-activating protein AslB  21.18 
 
 		 411 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197695  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0165  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 376 aa  72  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.263951  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4314  arylsulfatase-activating protein AslB  20.54 
 
 		 411 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133586  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0433  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.293902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  30.57 
 
 		 450 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0763  Radical SAM domain protein  21.45 
 
 		 407 aa  69.7  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5236  arylsulfatase-activating protein AslB  20.69 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000331519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1494  Radical SAM domain protein  20.49 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.28204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1467  Radical SAM domain protein  20.49 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0418  radical SAM domain-containing protein  22.11 
 
 		 431 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0871  radical SAM domain-containing protein  29.52 
 
 		 489 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.128121  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0679  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 		 462 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4120  arylsulfatase-activating protein AslB  21.23 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000574144  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6683  Radical SAM domain protein  27.89 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.630813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 		 452 aa  68.2  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>