75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0286 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 342 aa  677    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  74.56 
 
 		 342 aa  511  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  72.22 
 
 		 342 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  70.76 
 
 		 342 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  70.97 
 
 		 342 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  71.35 
 
 		 342 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  68.42 
 
 		 343 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  45 
 
 		 342 aa  269  5.9999999999999995e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  43.66 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  43.27 
 
 		 338 aa  249  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  43.73 
 
 		 342 aa  249  5e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  41.11 
 
 		 343 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  40.29 
 
 		 388 aa  238  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  39.71 
 
 		 347 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  40.82 
 
 		 343 aa  236  6e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  40.29 
 
 		 343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  41.12 
 
 		 345 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  38.86 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  41.4 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  38.78 
 
 		 345 aa  219  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  35.47 
 
 		 347 aa  203  4e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  36.05 
 
 		 343 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  34.2 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  34.3 
 
 		 347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  34.2 
 
 		 346 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  34.23 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  31.75 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  36.55 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  30.47 
 
 		 337 aa  132  6.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  30.24 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  29.49 
 
 		 350 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  28.37 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  21.53 
 
 		 334 aa  89  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  30.8 
 
 		 342 aa  87  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  28.65 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  26.35 
 
 		 340 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  24.86 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  28.19 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  28.19 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  21.39 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  24.91 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  25.75 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  29.33 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  25.68 
 
 		 329 aa  63.5  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  25.63 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  27.04 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  23.96 
 
 		 331 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  22.67 
 
 		 334 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  25.62 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  23.9 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  27.32 
 
 		 338 aa  56.2  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  24.37 
 
 		 340 aa  53.5  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  21.91 
 
 		 354 aa  53.5  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  25.15 
 
 		 343 aa  53.1  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  20 
 
 		 345 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  21.75 
 
 		 334 aa  50.4  0.00004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  25.99 
 
 		 389 aa  50.1  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21151  DNA polymerase III subunit delta  25 
 
 		 342 aa  49.7  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1962  DNA polymerase III, delta subunit  22.15 
 
 		 325 aa  48.9  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1245  DNA polymerase III subunit delta  23.96 
 
 		 342 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.440133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  26.67 
 
 		 336 aa  47.4  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  24.71 
 
 		 335 aa  47.4  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  22.86 
 
 		 333 aa  47  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  23.8 
 
 		 337 aa  46.2  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0811  DNA polymerase III, delta subunit  35.24 
 
 		 387 aa  44.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.692629 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1588  DNA polymerase III delta subunit-like protein  21.07 
 
 		 325 aa  45.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0554592  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  22.11 
 
 		 337 aa  44.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0949  hypothetical protein  26.46 
 
 		 335 aa  45.1  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.148514 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  21.36 
 
 		 351 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  21.96 
 
 		 332 aa  43.5  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 		 336 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 		 336 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00831  DNA polymerase III subunit delta  25.91 
 
 		 336 aa  43.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0072  DNA polymerase III subunit delta  29.1 
 
 		 321 aa  43.1  0.007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0083  DNA polymerase III subunit delta  20.49 
 
 		 319 aa  43.1  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>