More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0002 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
391 aa  801  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.04576e-11  unclonable  1.79673e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0004  DNA polymerase III, beta subunit  96.93 
 
 
391 aa  780  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  9.37309e-06  unclonable  4.68434e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0003  DNA polymerase III, beta subunit  75.45 
 
 
391 aa  613  1e-174  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.67404e-10  unclonable  5.68152e-10 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.84 
 
 
367 aa  295  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.33 
 
 
365 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  41.01 
 
 
366 aa  285  8e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  40.56 
 
 
366 aa  285  9e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 
366 aa  284  1e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.97 
 
 
366 aa  284  2e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 
366 aa  283  3e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  40.46 
 
 
366 aa  283  5e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.82 
 
 
366 aa  280  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 
366 aa  280  3e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.56 
 
 
367 aa  279  6e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  40.31 
 
 
367 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  40.05 
 
 
367 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.56 
 
 
367 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.31 
 
 
367 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 
367 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.05 
 
 
367 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.8 
 
 
366 aa  276  4e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.05 
 
 
367 aa  276  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  39.8 
 
 
366 aa  276  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 
366 aa  276  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.8 
 
 
366 aa  276  4e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.54 
 
 
366 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.54 
 
 
366 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.54 
 
 
366 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.54 
 
 
366 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  40.71 
 
 
366 aa  276  7e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.05 
 
 
367 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.07 
 
 
366 aa  275  9e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  40.56 
 
 
367 aa  275  1e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  39.9 
 
 
369 aa  273  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.42 
 
 
368 aa  273  3e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.01704e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  40.61 
 
 
367 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  38.68 
 
 
366 aa  269  6e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.68 
 
 
367 aa  267  3e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  38.42 
 
 
366 aa  266  4e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.5 
 
 
367 aa  266  5e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 
366 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.09 
 
 
366 aa  263  4e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43561e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  39.54 
 
 
366 aa  262  7e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.34864e-08  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  38.78 
 
 
366 aa  262  8e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.69 
 
 
366 aa  261  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  38.44 
 
 
366 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  38.44 
 
 
366 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  38.44 
 
 
366 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  38.44 
 
 
366 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  38.44 
 
 
366 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  38.52 
 
 
366 aa  257  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  38.52 
 
 
366 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.27 
 
 
367 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  38.32 
 
 
367 aa  257  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.52 
 
 
366 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.1 
 
 
366 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  36.13 
 
 
367 aa  253  4e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.66 
 
 
366 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.66 
 
 
366 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.90466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  38.78 
 
 
366 aa  249  6e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  37.15 
 
 
366 aa  248  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.08126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0002  DNA polymerase III, beta chain  37.4 
 
 
369 aa  248  1e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000280325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.06 
 
 
368 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.21 
 
 
367 aa  246  5e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.57 
 
 
368 aa  246  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.15 
 
 
369 aa  244  1e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.52276e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  36.32 
 
 
368 aa  244  1e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.57 
 
 
372 aa  244  2e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.27 
 
 
366 aa  244  2e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.06 
 
 
368 aa  244  2e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  35.55 
 
 
368 aa  243  4e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.32 
 
 
372 aa  241  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.76 
 
 
366 aa  241  2e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  34.52 
 
 
366 aa  241  2e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.53 
 
 
372 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.81 
 
 
367 aa  237  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  7.44787e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.76 
 
 
366 aa  236  4e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0132  DNA polymerase III, beta subunit  35.62 
 
 
370 aa  234  2e-60  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0954051  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  37.5 
 
 
366 aa  234  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.55 
 
 
369 aa  233  4e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.99 
 
 
367 aa  232  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.21 
 
 
368 aa  231  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.62 
 
 
367 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40244  normal  0.672581 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.28 
 
 
367 aa  228  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.46926e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.77 
 
 
381 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.0299e-05 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.14 
 
 
368 aa  221  2e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  8.266e-08  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.58 
 
 
376 aa  218  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.75 
 
 
373 aa  217  3e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  33.75 
 
 
372 aa  216  4e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0002  DNA polymerase III, beta chain  33.5 
 
 
367 aa  216  5e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  33.5 
 
 
367 aa  216  8e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>