More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2072 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3658  aromatic compound MFS transporter, putative  98.89 
 
 
450 aa  887  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.691847  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2072  major facilitator transporter  100 
 
 
450 aa  894  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6028  major facilitator transporter  71.75 
 
 
452 aa  631  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.672209  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5784  major facilitator transporter  71.3 
 
 
452 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5941  hypothetical protein  67.67 
 
 
456 aa  584  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00787806  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2108  major facilitator superfamily transporter  59.95 
 
 
454 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0152433  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5312  major facilitator superfamily MFS_1  57.62 
 
 
458 aa  518  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1368  major facilitator superfamily MFS_1  56.69 
 
 
439 aa  496  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00531865  normal  0.175653 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1432  major facilitator superfamily MFS_1  55.86 
 
 
439 aa  493  1e-138  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.528546  normal  0.24074 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6046  major facilitator transporter  59.44 
 
 
446 aa  494  1e-138  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4030  DNA-cytosine methyltransferase  58.21 
 
 
455 aa  485  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4515  major facilitator transporter  55.68 
 
 
454 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3938  major facilitator transporter  58.03 
 
 
456 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.718892  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1353  major facilitator transporter  56.81 
 
 
448 aa  468  1e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.418078 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2637  major facilitator superfamily MFS_1  57.08 
 
 
455 aa  453  1e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1099  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  53.44 
 
 
461 aa  448  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863734  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7161  major facilitator transporter  49.78 
 
 
456 aa  438  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1618  major facilitator transporter  52.29 
 
 
458 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1257  major facilitator transporter  46.36 
 
 
454 aa  414  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.281321  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08630  benzoate transporter  47.19 
 
 
443 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3587  major facilitator transporter  47.2 
 
 
445 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0647  major facilitator superfamily MFS_1  45.27 
 
 
451 aa  365  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2706  major facilitator transporter  44.98 
 
 
440 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.728097  normal  0.300526 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2964  hypothetical protein  43.37 
 
 
446 aa  355  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.83907  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2684  major facilitator transporter  44.42 
 
 
442 aa  352  6e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2550  major facilitator transporter  45.14 
 
 
442 aa  350  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3165  major facilitator transporter  44.91 
 
 
442 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2316  major facilitator superfamily MFS_1  39.91 
 
 
446 aa  332  1e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1895  major facilitator transporter  39.67 
 
 
451 aa  325  8e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.004098  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2281  major facilitator superfamily MFS_1  37.41 
 
 
450 aa  324  2e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3052  benzoate MFS transporter  37.88 
 
 
452 aa  319  5e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64750  putative MFS transporter  39.09 
 
 
446 aa  307  2e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5623  MFS family transporter  40.24 
 
 
446 aa  305  1e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1181  major facilitator transporter  40.09 
 
 
443 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.383013  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1856  major facilitator superfamily MFS_1  32.87 
 
 
435 aa  273  5e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0460  putative benzoate transport protein  34.55 
 
 
433 aa  263  6e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0349  benzoate transport protein  34.62 
 
 
436 aa  262  7e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0364  benzoate transport protein  34.62 
 
 
433 aa  262  8e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0464  benzoate transport protein, putative  34.55 
 
 
433 aa  262  9e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0412  putative benzoate transport protein  34.79 
 
 
433 aa  262  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0344  major facilitator transporter  34.87 
 
 
433 aa  261  2e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4906  putative benzoate transport protein  34.55 
 
 
433 aa  260  3e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0398  putative benzoate transport protein  34.38 
 
 
433 aa  260  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0335  sugar transporter; benzoate transport protein  34.38 
 
 
436 aa  258  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0340  major facilitator transporter  32.63 
 
 
436 aa  231  3e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2523  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  34.87 
 
 
461 aa  229  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.108392 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2126  major facilitator superfamily MFS_1  33.02 
 
 
444 aa  226  9e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647931  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0741  major facilitator transporter  33.02 
 
 
438 aa  225  1e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0470116 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1823  major facilitator transporter  30.83 
 
 
442 aa  223  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112408  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7272  major facilitator transporter  30.16 
 
 
437 aa  221  1e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7483  major facilitator transporter  32.79 
 
 
428 aa  219  8e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6376  major facilitator transporter  31.49 
 
 
449 aa  219  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000765522  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0788  major facilitator transporter  32.75 
 
 
453 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0700  major facilitator transporter  32.26 
 
 
453 aa  215  1e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5722  major facilitator superfamily MFS_1  33.88 
 
 
433 aa  215  1e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.731406  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0819  major facilitator transporter  32.26 
 
 
452 aa  214  2e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138145  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0336  major facilitator transporter  32.26 
 
 
452 aa  214  2e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0717  major facilitator transporter  32.26 
 
 
453 aa  213  5e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.231958  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3708  major facilitator superfamily transporter  31.44 
 
 
441 aa  213  6e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3425  major facilitator superfamily MFS_1  32.73 
 
 
436 aa  211  3e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1093  4-hydroxybenzoate transporter  29.81 
 
 
454 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3214  4-hydroxybenzoate transporter  30.36 
 
 
451 aa  206  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3229  4-hydroxybenzoate transporter  30.36 
 
 
451 aa  206  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0259  major facilitator transporter  32.63 
 
 
449 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4077  4-hydroxybenzoate transporter  30.23 
 
 
475 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0892005  normal  0.387821 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3175  4-hydroxybenzoate transporter  30.36 
 
 
451 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.902434  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2057  4-hydroxyphenylacetate transporter, putative  30.13 
 
 
451 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1922  4-hydroxybenzoate transporter  30.13 
 
 
451 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2687  putative 4-hydroxyphenylacetate transporter  30.13 
 
 
451 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0855  putative 4-hydroxyphenylacetate transporter  30.13 
 
 
451 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2913  major facilitator transporter  32.41 
 
 
454 aa  202  1e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3912  major facilitator transporter  31.22 
 
 
453 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6105  major facilitator transporter  28.64 
 
 
465 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.84268 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5860  major facilitator transporter  33.86 
 
 
447 aa  200  4e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2718  major facilitator superfamily aromatic acid transporter  32.23 
 
 
445 aa  200  4e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0133806  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1396  4-hydroxybenzoate transporter  30.79 
 
 
579 aa  199  1e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2097  major facilitator transporter  30.95 
 
 
459 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.201063 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2564  major facilitator transporter  31.02 
 
 
450 aa  196  8e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1482  major facilitator superfamily MFS_1  28.4 
 
 
451 aa  195  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.15751e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0913  general substrate transporter  32.09 
 
 
465 aa  193  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4011  major facilitator transporter  30.38 
 
 
435 aa  193  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.46849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2095  major facilitator superfamily MFS_1  30.11 
 
 
447 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3370  major facilitator transporter  30.68 
 
 
453 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.278479  normal  0.891983 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6040  major facilitator transporter  28.82 
 
 
449 aa  191  3e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489761  normal  0.189475 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4045  major facilitator transporter  31.87 
 
 
421 aa  189  8e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0726  4-hydroxybenzoate transporter  29.2 
 
 
455 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1885  major facilitator transporter  30.75 
 
 
453 aa  188  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.211239 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3798  major facilitator transporter  29.1 
 
 
452 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.120406  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01667  4-hydroxybenzoate transporter  32.93 
 
 
458 aa  188  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42633  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2375  major facilitator superfamily MFS_1  30.14 
 
 
451 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661624  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3852  major facilitator superfamily MFS_1  34.84 
 
 
446 aa  186  5e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  4.21805e-06  normal  0.905597 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3237  major facilitator superfamily MFS_1  31.41 
 
 
456 aa  186  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1254  major facilitator superfamily MFS_1  30.92 
 
 
444 aa  186  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.477296  normal  0.01739 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4217  major facilitator transporter  30.54 
 
 
453 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.344742  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4149  major facilitator transporter  30.54 
 
 
453 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0152976  normal  0.117223 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0779  major facilitator superfamily MFS_1  32.47 
 
 
454 aa  185  1e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2625  major facilitator superfamily transporter 4- hydroxybenzoate transporter  30.97 
 
 
466 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.76448e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4528  major facilitator superfamily transporter 4- hydroxybenzoate transporter  30.97 
 
 
466 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.8085e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2304  major facilitator superfamily aromatic acid transporter  29.27 
 
 
452 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1029  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  30.11 
 
 
452 aa  183  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000542182  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>