More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5050 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
262 aa  499  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  39.15 
 
 
264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
263 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
264 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
264 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  40.33 
 
 
264 aa  192  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.09 
 
 
265 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
264 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
264 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
264 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  38.17 
 
 
265 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.62 
 
 
264 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  40 
 
 
269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
265 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  37.14 
 
 
265 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  38.85 
 
 
264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
270 aa  178  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
264 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
264 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
265 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
264 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
275 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  41.46 
 
 
260 aa  176  4e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
284 aa  175  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.66 
 
 
275 aa  174  9e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
274 aa  174  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
265 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
275 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.74 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.610891  normal  0.0260594 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
263 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  38.31 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3518  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  47.3 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336262  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
275 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
272 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 
260 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
275 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
275 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
272 aa  168  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
265 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
596 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  37.72 
 
 
266 aa  166  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
269 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
272 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
268 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
268 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
269 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
606 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
268 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  38.46 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  42.65 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  42.18 
 
 
276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
269 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40.71 
 
 
282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.65 
 
 
267 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.71 
 
 
282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  34.96 
 
 
281 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
272 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  36.32 
 
 
267 aa  161  9e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
259 aa  161  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
279 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
265 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.77 
 
 
269 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  37.61 
 
 
265 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
275 aa  159  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 
278 aa  159  6e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
266 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
266 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
267 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673957  normal  0.0589597 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  40.81 
 
 
262 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  38.37 
 
 
264 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.05 
 
 
271 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
278 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
279 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
264 aa  153  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  39.51 
 
 
279 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
591 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  42.65 
 
 
273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.65 
 
 
273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  36.2 
 
 
271 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  38.93 
 
 
279 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  38.93 
 
 
289 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
267 aa  152  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  38.93 
 
 
289 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
274 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
302 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  34.1 
 
 
302 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
279 aa  151  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  39.58 
 
 
279 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
391 aa  151  8.999999999999999e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>