More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_0428 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 466 aa  910    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.81 
 
 		 704 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  52.29 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  56.35 
 
 		 698 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.08 
 
 		 576 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  52.71 
 
 		 576 aa  386  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  69.66 
 
 		 598 aa  385  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  69.29 
 
 		 598 aa  384  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  67.38 
 
 		 689 aa  378  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  64.08 
 
 		 674 aa  355  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.73 
 
 		 669 aa  353  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  66.92 
 
 		 736 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.54 
 
 		 601 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  64.91 
 
 		 577 aa  349  6e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  68.57 
 
 		 690 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.29 
 
 		 620 aa  346  6e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  67.35 
 
 		 743 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.01 
 
 		 609 aa  343  4e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  65.79 
 
 		 795 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  66.27 
 
 		 576 aa  341  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  61.43 
 
 		 687 aa  340  5e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  62.01 
 
 		 680 aa  338  8e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  68.15 
 
 		 784 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.75 
 
 		 528 aa  317  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  63.75 
 
 		 676 aa  311  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  63.4 
 
 		 508 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.4 
 
 		 489 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  62.98 
 
 		 422 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.38 
 
 		 247 aa  300  3e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  61.86 
 
 		 296 aa  300  3e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.39 
 
 		 327 aa  299  7e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.29 
 
 		 466 aa  298  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  61.86 
 
 		 293 aa  296  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  60.26 
 
 		 322 aa  281  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.51 
 
 		 457 aa  280  5e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  53.38 
 
 		 372 aa  276  8e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  57.89 
 
 		 264 aa  271  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.1 
 
 		 501 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  56.14 
 
 		 286 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  53.17 
 
 		 270 aa  242  9e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  54.04 
 
 		 285 aa  238  2e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 332 aa  181  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 274 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  45.16 
 
 		 567 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  42.91 
 
 		 624 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 236 aa  171  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 290 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  43.65 
 
 		 278 aa  170  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  41.61 
 
 		 556 aa  170  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  43.38 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 554 aa  164  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  42.74 
 
 		 298 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  37.45 
 
 		 331 aa  162  2e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  42.17 
 
 		 289 aa  160  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 398 aa  160  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  47.93 
 
 		 251 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40 
 
 		 253 aa  158  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47 
 
 		 292 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  47 
 
 		 292 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.16 
 
 		 328 aa  158  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.45 
 
 		 266 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  41.26 
 
 		 317 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  41.44 
 
 		 248 aa  156  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.45 
 
 		 266 aa  156  7e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.18 
 
 		 344 aa  156  7e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.47 
 
 		 239 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.38 
 
 		 301 aa  155  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  40.99 
 
 		 248 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.18 
 
 		 344 aa  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.99 
 
 		 325 aa  155  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  37.84 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.96 
 
 		 299 aa  154  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 247 aa  154  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  37.53 
 
 		 386 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.27 
 
 		 258 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.23 
 
 		 355 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.95 
 
 		 268 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  36.09 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 736 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 426 aa  151  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 405 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 587 aa  150  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  41.74 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  44.3 
 
 		 409 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.3 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 290 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.3 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  41.74 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 290 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.74 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.67 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 686 aa  150  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>