250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3943 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 389 aa  775    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 389 aa  775    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  95.89 
 
 		 389 aa  724    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  77.9 
 
 		 386 aa  584  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  73.45 
 
 		 388 aa  524  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  77.45 
 
 		 388 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  40.57 
 
 		 390 aa  293  4e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  43.1 
 
 		 405 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  40.47 
 
 		 389 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  40.1 
 
 		 389 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  40.35 
 
 		 388 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  40.9 
 
 		 388 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  39.33 
 
 		 388 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  40.6 
 
 		 388 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  35.46 
 
 		 416 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  33.33 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  32.65 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  32.26 
 
 		 402 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  35.67 
 
 		 390 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  30.37 
 
 		 402 aa  203  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  30.37 
 
 		 402 aa  202  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  32.08 
 
 		 393 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  32.65 
 
 		 393 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  35.79 
 
 		 373 aa  197  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  30.03 
 
 		 396 aa  196  6e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  30.14 
 
 		 398 aa  153  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  29.97 
 
 		 378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  28.3 
 
 		 382 aa  136  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  30.52 
 
 		 396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  27.79 
 
 		 376 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  27.52 
 
 		 376 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  32.17 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  27.84 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  27.3 
 
 		 376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  29.67 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  24.78 
 
 		 380 aa  99.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  28.2 
 
 		 371 aa  96.7  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  28.2 
 
 		 371 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  27.86 
 
 		 418 aa  95.1  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  27.87 
 
 		 371 aa  93.6  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  25.77 
 
 		 370 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  26.18 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  27.66 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  27.7 
 
 		 383 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  26.74 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  27.96 
 
 		 371 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  28.72 
 
 		 373 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  24.68 
 
 		 423 aa  80.1  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  27.66 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  25.72 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  26.62 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  25.16 
 
 		 418 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2407  permease YjgP/YjgQ  30.69 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.481022  normal  0.64368 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  27.5 
 
 		 379 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4923  permease YjgP/YjgQ family protein  26.55 
 
 		 372 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  24.76 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  26.04 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  26.86 
 
 		 376 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  27.24 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  28 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  24.11 
 
 		 370 aa  73.6  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  26.67 
 
 		 371 aa  71.6  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  26.16 
 
 		 375 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  24.46 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2170  permease YjgP/YjgQ family protein  26.75 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.233438 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  24.91 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  24.77 
 
 		 370 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  24.77 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  24.77 
 
 		 370 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  24.12 
 
 		 358 aa  68.9  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  24.15 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  24.47 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  23.67 
 
 		 443 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1948  permease, putative  24.91 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00215493  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  24.62 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  28.15 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  27.34 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2786  permease YjgP/YjgQ family protein  26.67 
 
 		 360 aa  67  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  24.54 
 
 		 363 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  24.54 
 
 		 363 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  23.55 
 
 		 339 aa  66.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  23.33 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1374  permease YjgP/YjgQ family protein  24.35 
 
 		 363 aa  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 364 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  25.21 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  23.4 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  23.08 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  22.89 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  27.78 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  24.69 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  23.35 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2808  permease YjgP/YjgQ  25.36 
 
 		 372 aa  63.5  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.94667  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  27.44 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  22.97 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  25.97 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2472  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 364 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2467  permease YjgP/YjgQ family protein  25 
 
 		 364 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  24.06 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  19.4 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>