More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0043 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 433 aa  873    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  47.24 
 
 		 395 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  32.22 
 
 		 371 aa  232  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  31.28 
 
 		 386 aa  221  3e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.47 
 
 		 377 aa  216  4e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.03 
 
 		 401 aa  213  7.999999999999999e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.35 
 
 		 397 aa  211  2e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.72 
 
 		 390 aa  210  5e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  30.13 
 
 		 389 aa  209  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  32.31 
 
 		 385 aa  207  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.11 
 
 		 415 aa  206  6e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  27.86 
 
 		 414 aa  206  7e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.76 
 
 		 401 aa  205  1e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.28 
 
 		 380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.72 
 
 		 397 aa  201  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  30.08 
 
 		 380 aa  201  3e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  30.08 
 
 		 380 aa  200  5e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  30.08 
 
 		 380 aa  200  5e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  27.62 
 
 		 402 aa  197  3e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.11 
 
 		 390 aa  196  7e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.4 
 
 		 398 aa  196  7e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  28.92 
 
 		 399 aa  196  8.000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  27.94 
 
 		 420 aa  194  4e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.56 
 
 		 399 aa  193  5e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  27.97 
 
 		 390 aa  193  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  28.46 
 
 		 377 aa  191  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  29.59 
 
 		 377 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.01 
 
 		 378 aa  190  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.79 
 
 		 379 aa  190  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  27.59 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  28.72 
 
 		 376 aa  186  5e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.33 
 
 		 401 aa  183  7e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  27.88 
 
 		 414 aa  180  4.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.67 
 
 		 391 aa  178  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.41 
 
 		 485 aa  176  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  176  6e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  176  6e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  176  6e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  176  8e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  176  8e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  176  8e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  176  8e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  29.57 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  29.82 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  29.07 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  28.06 
 
 		 404 aa  174  1.9999999999999998e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  29.93 
 
 		 373 aa  170  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.03 
 
 		 381 aa  170  6e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.26 
 
 		 386 aa  168  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.58 
 
 		 374 aa  167  5e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.58 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  29.41 
 
 		 372 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  29.72 
 
 		 374 aa  159  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  27.98 
 
 		 370 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  27.98 
 
 		 370 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  27.69 
 
 		 374 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  26.82 
 
 		 374 aa  157  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  27.06 
 
 		 371 aa  157  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  27.72 
 
 		 371 aa  155  9e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.76 
 
 		 375 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.12 
 
 		 373 aa  150  5e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  30.15 
 
 		 362 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  29.02 
 
 		 364 aa  149  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  28.68 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.18 
 
 		 370 aa  147  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  27.34 
 
 		 392 aa  147  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  27.27 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  27.27 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  30 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  27.23 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.62 
 
 		 370 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  29.2 
 
 		 384 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  28.32 
 
 		 365 aa  143  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  29.04 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.65 
 
 		 360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  24.82 
 
 		 398 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.91 
 
 		 372 aa  141  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.56 
 
 		 364 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  25.87 
 
 		 370 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.25 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  27.56 
 
 		 364 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  27.38 
 
 		 366 aa  136  8e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  27.06 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  28.36 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  28.36 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  26.59 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  26.44 
 
 		 378 aa  132  9e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  27.49 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.13 
 
 		 363 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.68 
 
 		 358 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.81 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  26.74 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  26.33 
 
 		 376 aa  127  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  25.77 
 
 		 355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.09 
 
 		 365 aa  127  5e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1145  recombination protein F  25.94 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.86 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  27 
 
 		 363 aa  125  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  25.99 
 
 		 369 aa  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.3 
 
 		 376 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>