More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2008 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2008  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 191 aa  390  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2214  transcriptional regulator, MerR family  92.66 
 
 		 177 aa  333  9e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000011193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0139  transcriptional regulator, MerR family  60.95 
 
 		 183 aa  221  6e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2779  MerR family transcriptional regulator  58.52 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575166  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1394  MerR family transcriptional regulator  56.59 
 
 		 188 aa  204  7e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2794  MerR family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 181 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0264  MerR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 173 aa  130  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3014  MerR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 195 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.20917  normal  0.37376 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0938  MerR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 398 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0077  MerR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 391 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0767  MerR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04067  SAM-dependent methyltransferase  30.59 
 
 		 390 aa  75.9  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7265  MerR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 391 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1437  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  36.15 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0384  transcriptional regulator, MerR family  36.17 
 
 		 258 aa  71.6  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0450143  decreased coverage  0.00634425 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1357  MerR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.744828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4698  transcriptional regulator, MerR family  36.45 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18550  predicted transcriptional regulator  36.54 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2298  MerR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 343 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3393  transcriptional regulator, MerR family  33.57 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.988274  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0255  transcriptional regulator, MerR family  40.96 
 
 		 251 aa  67.8  0.00000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2165  MerR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 343 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123028  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1320  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23430  predicted transcriptional regulator  31.67 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0376314  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34160  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.153651 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1083  transcriptional regulator, MerR family  33.88 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0124198  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  40.51 
 
 		 153 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4791  MerR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3285  transcriptional regulator, MerR family  32.81 
 
 		 272 aa  66.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.235229  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1614  transcriptional regulator, MerR family  37 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5111  putative transcriptional activator tipA  43.94 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.252328  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  39.71 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2824  transcriptional regulator, MerR family  40.51 
 
 		 251 aa  65.1  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00132895  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4836  transcriptional activator tipA  42.42 
 
 		 243 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5200  transcriptional activator tipA  42.42 
 
 		 243 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  35.64 
 
 		 159 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5071  putative transcriptional activator tipA  42.42 
 
 		 243 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5109  putative transcriptional activator tipA  42.42 
 
 		 243 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00019726  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1008  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 253 aa  64.7  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0129  putative transcriptional activator tipA  42.42 
 
 		 244 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.634344  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2151  transcriptional regulator, MerR family  34.29 
 
 		 253 aa  64.3  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.447172 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5289  transcriptional regulator, MerR family  37.08 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0420  MerR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5104  transcriptional activator tipA, putative  42.42 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0065  transcriptional regulator, MerR family  28.47 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5434  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.736735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0535  transcriptional regulator, MerR family  32.98 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.438553  normal  0.258616 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  37.68 
 
 		 132 aa  63.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5020  MerR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4848  MerR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4862  MerR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3564  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2270  regulatory protein MerR  29.91 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2107  regulatory protein, MerR:Albicidin resistance  36.67 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.814054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5400  MerR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5668  transcriptional regulator, MerR family  38.37 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5255  transcriptional regulator, MerR family  37.21 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2231  MerR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8151  putative transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.963489 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0409  TipAS antibiotic-recognition domain protein  41.54 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0969  MerR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00256708  hitchhiker  0.0060004 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4678  transcriptional activator  40.91 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4694  transcriptional activator  40.91 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5331  transcriptional regulator, MerR family  37.21 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5055  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561645  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5143  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1458  MerR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0168574  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5275  MerR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 253 aa  62  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1222  transcriptional regulator, MerR family  40.23 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.867665  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  41.1 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0331  putative transcriptional activator tipA  38.03 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4962  MerR family transcriptional regulator  33 
 
 		 253 aa  62  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1256  transcriptional regulator, MerR family  39.13 
 
 		 142 aa  62  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0010  hypothetical protein  37.36 
 
 		 270 aa  62  0.000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1034  SoxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 142 aa  62  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0148  MerR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 257 aa  62  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.290112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1079  TipAS antibiotic-recognition domain-containing protein  35.48 
 
 		 252 aa  62  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.23199 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5038  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 342 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0271  MerR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  38.24 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  39.71 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  34.65 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0323  transcription regulator family  34.74 
 
 		 253 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1517  MerR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0464  transcriptional regulator, MerR family  44.78 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1582  hypothetical protein  31.62 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1413  hypothetical protein  36.46 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3712  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0250  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 392 aa  60.1  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.757542 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0760  MerR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 267 aa  59.7  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0248072  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4442  putative transcriptional regulator, MerR family  37.65 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00264375  hitchhiker  0.000476994 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  38.36 
 
 		 158 aa  59.3  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1781  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1021  transcriptional regulator, MerR family  35.64 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10693e-29 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0980  MerR family transcriptional regulator  37 
 
 		 648 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2780  MerR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.891963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1742  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  40.85 
 
 		 177 aa  59.3  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>