More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1437 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0767  MerR family transcriptional regulator  82.01 
 
 		 390 aa  676    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1437  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 390 aa  806    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0077  MerR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 391 aa  510  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04067  SAM-dependent methyltransferase  60.05 
 
 		 390 aa  494  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0938  MerR family transcriptional regulator  56.17 
 
 		 398 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7265  MerR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 391 aa  441  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0250  MerR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 392 aa  431  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.757542 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0966  putative transcriptional regulator  55.01 
 
 		 392 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0064  Methyltransferase type 11  36.71 
 
 		 249 aa  172  9e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.262124  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2976  hypothetical protein  35.42 
 
 		 250 aa  172  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.3977  normal  0.29484 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0889  methyltransferase type 11  39.67 
 
 		 249 aa  171  2e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0190942  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1685  hypothetical protein  39.33 
 
 		 264 aa  169  9e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1825  methyltransferase type 11  37.65 
 
 		 254 aa  157  3e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.627869  normal  0.366066 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1075  hypothetical protein  35.95 
 
 		 250 aa  157  4e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.238827  normal  0.291334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4877  methyltransferase type 11  37.4 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0585  methyltransferase type 11  31.28 
 
 		 253 aa  152  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1584  methyltransferase type 11  35.83 
 
 		 250 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0350  Methyltransferase type 11  34.47 
 
 		 253 aa  149  9e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3419  methyltransferase type 11  32.56 
 
 		 261 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381882 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0552  Methyltransferase type 11  35.12 
 
 		 247 aa  139  6e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1585  hypothetical protein  33.07 
 
 		 256 aa  135  9e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8125  acetyltransferase-like protein  33.06 
 
 		 464 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2073  methyltransferase type 12  32.77 
 
 		 239 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.131474  normal  0.216691 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1961  methyltransferase type 12  27.62 
 
 		 241 aa  104  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00015321  normal  0.48171 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1382  methyltransferase type 12  31.36 
 
 		 239 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00680014  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2724  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  30.93 
 
 		 239 aa  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2214  transcriptional regulator, MerR family  30.59 
 
 		 177 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000011193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0139  transcriptional regulator, MerR family  33.74 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2008  transcriptional regulator, MerR family  30 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2779  MerR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 185 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575166  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1394  MerR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 135 aa  67  0.0000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0767  hypothetical protein  37.11 
 
 		 128 aa  65.1  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0255585  normal  0.0371895 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2422  Methyltransferase type 11  30.1 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3793  transcriptional regulator, MerR family  34.06 
 
 		 139 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3014  MerR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 195 aa  62.4  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.20917  normal  0.37376 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  35.43 
 
 		 139 aa  61.6  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0264  MerR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 173 aa  60.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0129  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 127 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.684226 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  32.28 
 
 		 132 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  35.34 
 
 		 117 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 150 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2794  MerR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 181 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 133 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 124 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4388  methyltransferase type 11  25.23 
 
 		 267 aa  58.9  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0989044  normal  0.24508 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 133 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 129 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  38 
 
 		 121 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 129 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 129 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0626  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 115 aa  57.4  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0702  transcriptional regulator  36.63 
 
 		 119 aa  57.4  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  34.58 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  31.75 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2070  MerR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 140 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00505229  normal  0.800786 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  44.93 
 
 		 138 aa  55.8  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 159 aa  55.8  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  37.84 
 
 		 173 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0339  MerR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2087  MerR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 140 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.183046  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3884  methyltransferase type 11  33.33 
 
 		 293 aa  56.2  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658922  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  32.71 
 
 		 129 aa  55.8  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2133  MerR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 140 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0098213 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  41.1 
 
 		 137 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  40.54 
 
 		 163 aa  55.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  30.84 
 
 		 141 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 132 aa  55.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00890  predicted transcriptional regulator  29.2 
 
 		 129 aa  55.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  39.19 
 
 		 171 aa  55.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  30.84 
 
 		 144 aa  55.1  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  29.91 
 
 		 169 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  32.71 
 
 		 129 aa  55.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0631  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 158 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.170706 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 182 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 166 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  40.54 
 
 		 157 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  29.88 
 
 		 176 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  30.84 
 
 		 141 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  31.68 
 
 		 141 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  31.68 
 
 		 141 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  31.68 
 
 		 141 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2107  regulatory protein, MerR:Albicidin resistance  32.89 
 
 		 342 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.814054  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  31.68 
 
 		 141 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  31.68 
 
 		 141 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  30.77 
 
 		 158 aa  54.3  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  29.88 
 
 		 176 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  30.69 
 
 		 141 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  30.69 
 
 		 141 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 129 aa  54.3  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  30.69 
 
 		 141 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  30.71 
 
 		 133 aa  54.3  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  30.69 
 
 		 141 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  30.69 
 
 		 141 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  30.69 
 
 		 141 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  30.69 
 
 		 141 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3844  transcriptional regulator, MerR family  30.43 
 
 		 139 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.603426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 153 aa  54.3  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>