More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04067 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_04067  SAM-dependent methyltransferase  100 
 
 
390 aa  808    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0767  MerR family transcriptional regulator  61.6 
 
 
390 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1437  MerR family transcriptional regulator  60.05 
 
 
390 aa  508  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0077  MerR family transcriptional regulator  58.81 
 
 
391 aa  499  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0938  MerR family transcriptional regulator  55.42 
 
 
398 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7265  MerR family transcriptional regulator  55.15 
 
 
391 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0250  MerR family transcriptional regulator  53.98 
 
 
392 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.757542 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0966  putative transcriptional regulator  51.67 
 
 
392 aa  373  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2976  hypothetical protein  37.92 
 
 
250 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.3977  normal  0.29484 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0889  methyltransferase type 11  39.83 
 
 
249 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0190942  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1685  hypothetical protein  39.58 
 
 
264 aa  172  1e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0064  Methyltransferase type 11  37.82 
 
 
249 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.262124  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0585  methyltransferase type 11  37.61 
 
 
253 aa  164  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1825  methyltransferase type 11  37.4 
 
 
254 aa  163  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.627869  normal  0.366066 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0350  Methyltransferase type 11  36.36 
 
 
253 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1075  hypothetical protein  36.67 
 
 
250 aa  160  5e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.238827  normal  0.291334 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3419  methyltransferase type 11  35.6 
 
 
261 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381882 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4877  methyltransferase type 11  35.32 
 
 
327 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1585  hypothetical protein  33.46 
 
 
256 aa  149  7e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8125  acetyltransferase-like protein  38.46 
 
 
464 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0552  Methyltransferase type 11  35.12 
 
 
247 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1584  methyltransferase type 11  36.97 
 
 
250 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2073  methyltransferase type 12  37.71 
 
 
239 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.131474  normal  0.216691 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1382  methyltransferase type 12  32.78 
 
 
239 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00680014  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1961  methyltransferase type 12  32.22 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00015321  normal  0.48171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2724  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  33.62 
 
 
239 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1394  MerR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2008  transcriptional regulator, MerR family  30.59 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0139  transcriptional regulator, MerR family  36.31 
 
 
183 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2214  transcriptional regulator, MerR family  30.59 
 
 
177 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000011193 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2779  MerR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
185 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575166  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0264  MerR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829201  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0767  hypothetical protein  40.21 
 
 
128 aa  70.1  0.00000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0255585  normal  0.0371895 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2794  MerR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
181 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0626  transcriptional regulator  43.02 
 
 
115 aa  68.2  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3793  transcriptional regulator, MerR family  36.23 
 
 
139 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
132 aa  64.7  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
132 aa  64.7  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6523  MerR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
128 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0471751  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  40.54 
 
 
135 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6757  MerR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
128 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.288009  normal  0.0279244 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5166  MerR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
135 aa  63.2  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00910  predicted transcriptional regulator  32.69 
 
 
150 aa  63.2  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.975213  normal  0.42644 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5221  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
135 aa  63.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5053  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
135 aa  63.2  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5069  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
135 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.587051  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5621  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
135 aa  63.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5456  transcriptional regulator, MerR family  32.79 
 
 
135 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5464  transcriptional regulator, MerR family  32.79 
 
 
135 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1534  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 
249 aa  62.4  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0334786  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 
123 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6346  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
128 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2298  MerR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
343 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1517  MerR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
342 aa  62  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
182 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5494  transcriptional regulator, MerR family  32.79 
 
 
135 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2165  MerR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
343 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  34.58 
 
 
169 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5550  transcriptional regulator, MerR family  31.97 
 
 
135 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5502  MerR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
135 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
133 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 
117 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4278  Methyltransferase type 11  27.61 
 
 
186 aa  61.2  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.867588  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6337  MerR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
342 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1755  MerR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
342 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.581641  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1742  MerR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
342 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2107  regulatory protein, MerR:Albicidin resistance  35.64 
 
 
342 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.814054  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
166 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
148 aa  60.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
165 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
148 aa  60.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3014  MerR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
195 aa  60.8  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.20917  normal  0.37376 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0745  aldo/keto reductase  33.66 
 
 
449 aa  60.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
140 aa  60.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
157 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  36.08 
 
 
154 aa  60.1  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5038  MerR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
342 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  32.98 
 
 
131 aa  60.1  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1663  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
343 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350781  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
123 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  33.75 
 
 
130 aa  59.7  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4388  methyltransferase type 11  23.63 
 
 
267 aa  59.7  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0989044  normal  0.24508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0913  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 
260 aa  59.7  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.260144 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2470  MerR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
138 aa  59.7  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
128 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
129 aa  59.3  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1663  MerR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
343 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1808  Methyltransferase type 11  34.12 
 
 
286 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1255  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  36.46 
 
 
130 aa  58.2  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  29.73 
 
 
137 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  31.13 
 
 
129 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  33.64 
 
 
139 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4563  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  26.88 
 
 
394 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
163 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0339  MerR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
253 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 
146 aa  58.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
136 aa  58.5  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3886  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
135 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.648362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
129 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4328  Methyltransferase type 11  26.32 
 
 
188 aa  58.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>