More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3411 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  100 
 
 		 158 aa  325  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  81.76 
 
 		 159 aa  271  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  81.13 
 
 		 159 aa  271  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  80.38 
 
 		 173 aa  263  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  77.36 
 
 		 157 aa  246  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  76.1 
 
 		 157 aa  244  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  78.67 
 
 		 176 aa  241  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  78.67 
 
 		 176 aa  241  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  80.69 
 
 		 171 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  80.69 
 
 		 171 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  80.95 
 
 		 156 aa  239  7.999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  80.27 
 
 		 163 aa  238  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  75.47 
 
 		 157 aa  238  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  79.43 
 
 		 177 aa  233  8e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  74 
 
 		 171 aa  226  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  67.57 
 
 		 153 aa  206  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  69.44 
 
 		 144 aa  204  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  56.06 
 
 		 132 aa  154  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  55.73 
 
 		 139 aa  151  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  52.67 
 
 		 143 aa  147  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  53.38 
 
 		 141 aa  147  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  53.38 
 
 		 141 aa  147  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  53.38 
 
 		 144 aa  147  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  53.03 
 
 		 133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  51.88 
 
 		 141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  52.27 
 
 		 132 aa  141  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  51.13 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  51.13 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  51.13 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  51.13 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  51.13 
 
 		 141 aa  140  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  47.52 
 
 		 140 aa  138  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3724  zinc-responsive transcriptional regulator  48.87 
 
 		 141 aa  135  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299789  hitchhiker  0.00578388 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  46.15 
 
 		 135 aa  107  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  42.11 
 
 		 155 aa  104  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  41.22 
 
 		 132 aa  104  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  37.98 
 
 		 142 aa  100  8e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 152 aa  99  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 131 aa  98.6  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  42.96 
 
 		 135 aa  97.8  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0171  MerR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 134 aa  97.1  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 158 aa  96.3  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 158 aa  96.3  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 129 aa  95.9  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 129 aa  96.3  2e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  38.93 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.44 
 
 		 135 aa  95.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 143 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 146 aa  95.5  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  40.6 
 
 		 151 aa  95.1  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 134 aa  95.1  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  39.23 
 
 		 148 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 153 aa  94.4  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02950  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  36.64 
 
 		 131 aa  94.7  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  39.71 
 
 		 159 aa  94.4  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 159 aa  94  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 149 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4421  MerR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 139 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0298638  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  39.23 
 
 		 148 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2975  MerR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.501139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0151  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636208  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 149 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4020  transcriptional regulator CadR  38.93 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  37.06 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3947  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1943  transcriptional regulator of MerR family protein  40.46 
 
 		 135 aa  92.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.555422  normal  0.0105773 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 		 138 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3334  MerR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3037  MerR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1564  MerR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 146 aa  91.7  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3291  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  91.7  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 138 aa  92  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3563  transcriptional regulator, MerR family  35.14 
 
 		 157 aa  91.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 149 aa  92  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  37.12 
 
 		 137 aa  91.3  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  39.1 
 
 		 144 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 150 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 141 aa  91.3  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  41.44 
 
 		 137 aa  91.3  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  36.96 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 173 aa  91.3  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4315  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 130 aa  91.3  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.92 
 
 		 154 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  39.84 
 
 		 133 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  39.1 
 
 		 144 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 135 aa  90.9  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 135 aa  90.9  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 135 aa  90.9  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 135 aa  90.9  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 135 aa  90.9  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>