More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2343 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 146 aa  293  5e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  75.18 
 
 		 141 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  73.72 
 
 		 161 aa  202  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0211  MerR family transcriptional regulator  70 
 
 		 140 aa  198  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  64.96 
 
 		 142 aa  181  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  64.96 
 
 		 142 aa  181  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  62.41 
 
 		 139 aa  172  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 174 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 140 aa  169  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 140 aa  169  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 141 aa  167  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  62.04 
 
 		 142 aa  163  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  59.7 
 
 		 140 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  59.85 
 
 		 141 aa  160  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 142 aa  158  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  55.88 
 
 		 140 aa  157  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  56.2 
 
 		 145 aa  156  9e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 137 aa  155  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  55.15 
 
 		 140 aa  154  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 137 aa  151  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 137 aa  150  5e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 134 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 162 aa  148  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  52.63 
 
 		 140 aa  147  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2931  MerR family transcriptional regulator  57.66 
 
 		 138 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.68732 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4119  MerR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 137 aa  142  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 136 aa  141  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 137 aa  140  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 138 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  55.12 
 
 		 133 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 140 aa  129  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  52 
 
 		 137 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 139 aa  126  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  48.46 
 
 		 133 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4426  MerR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4070  transcriptional regulator, MerR family  59.05 
 
 		 132 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.336663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  48.44 
 
 		 133 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 131 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1199  MerR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 138 aa  117  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00877844  normal  0.661473 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 140 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 140 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  45.24 
 
 		 148 aa  110  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  44.27 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  46.85 
 
 		 156 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  48.03 
 
 		 156 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  45.24 
 
 		 148 aa  107  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  43.51 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2470  MerR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1346  MerR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 136 aa  103  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 147 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 147 aa  103  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 147 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 147 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 151 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0164  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 135 aa  101  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.768188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4323  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 146 aa  100  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  41.67 
 
 		 143 aa  100  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0159  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 135 aa  100  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3461  transcriptional regulator, MerR family protein  42.52 
 
 		 146 aa  100  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  43.08 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  43.08 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  43.08 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  43.31 
 
 		 144 aa  100  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 152 aa  100  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  43.55 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 140 aa  99.8  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1816  transcriptional regulator, MerR family  39.72 
 
 		 144 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.228936 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 172 aa  99.8  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5283  transcriptional regulator, MerR family  39.26 
 
 		 143 aa  98.6  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1642  transcriptional regulator, MerR family  39.26 
 
 		 143 aa  98.6  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.86 
 
 		 142 aa  99  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  42.52 
 
 		 132 aa  98.2  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 157 aa  97.4  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 175 aa  97.4  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  41.54 
 
 		 144 aa  97.1  8e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3724  zinc-responsive transcriptional regulator  41.54 
 
 		 141 aa  96.7  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299789  hitchhiker  0.00578388 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  40.97 
 
 		 145 aa  96.7  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5990  mercury resistance regulatory protein MerR  40.16 
 
 		 132 aa  96.7  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.479863 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  41.54 
 
 		 141 aa  96.7  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  41.54 
 
 		 141 aa  96.7  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 136 aa  96.3  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>