More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2931 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2931  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
138 aa  276  6e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.68732 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  58.39 
 
 
141 aa  160  6e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  57.66 
 
 
161 aa  160  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0211  MerR family transcriptional regulator  59.42 
 
 
140 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  57.66 
 
 
146 aa  157  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4119  MerR family transcriptional regulator  53.28 
 
 
137 aa  151  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  53.62 
 
 
137 aa  147  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4426  MerR family transcriptional regulator  52.55 
 
 
134 aa  145  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  52.17 
 
 
142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  52.17 
 
 
142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  51.45 
 
 
157 aa  143  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  51.82 
 
 
145 aa  140  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  52.63 
 
 
174 aa  139  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 
162 aa  135  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  50 
 
 
142 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
137 aa  133  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  49.62 
 
 
141 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  47.41 
 
 
139 aa  130  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  49.62 
 
 
140 aa  130  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  49.62 
 
 
140 aa  130  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  45.59 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  45.19 
 
 
142 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 
140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  53.68 
 
 
140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  46.32 
 
 
140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  53.68 
 
 
140 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  45.59 
 
 
140 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  48.82 
 
 
134 aa  122  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1199  MerR family transcriptional regulator  48.12 
 
 
138 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00877844  normal  0.661473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  45.45 
 
 
141 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  45.11 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  43.51 
 
 
137 aa  110  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
136 aa  107  5e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  44.09 
 
 
133 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
141 aa  106  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  42.75 
 
 
140 aa  104  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
137 aa  103  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  39.37 
 
 
133 aa  101  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 
144 aa  101  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
172 aa  101  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  39.06 
 
 
133 aa  100  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
139 aa  100  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
138 aa  100  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4523  MerR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
149 aa  99.8  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 
151 aa  99.4  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4070  transcriptional regulator, MerR family  47.62 
 
 
132 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.336663 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
131 aa  99  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
126 aa  99.4  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
175 aa  98.2  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  38.17 
 
 
144 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  42.52 
 
 
156 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
152 aa  97.4  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
141 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  42.52 
 
 
156 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
140 aa  95.5  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  39.68 
 
 
148 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
159 aa  95.1  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  37.4 
 
 
144 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
126 aa  94.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.375407 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
163 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
166 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1915  MerR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
136 aa  92  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0159  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 
135 aa  92.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  36.72 
 
 
151 aa  91.7  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0800  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
142 aa  91.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.876996 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  35.43 
 
 
169 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  40 
 
 
141 aa  91.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0164  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 
135 aa  91.7  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.768188  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  40 
 
 
141 aa  91.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2760  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  40.31 
 
 
135 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2232  putative transcriptional regulator MerR  37.8 
 
 
144 aa  91.3  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.620327  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  37.69 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3461  transcriptional regulator, MerR family protein  38.76 
 
 
146 aa  91.3  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4323  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
146 aa  91.3  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1474  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.70041  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
182 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
149 aa  90.5  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
147 aa  90.5  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.1  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.1  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  39.23 
 
 
141 aa  90.1  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3156  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
146 aa  89.7  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215145  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.01 
 
 
154 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2269  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
135 aa  89.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220473  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.01 
 
 
154 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.01 
 
 
154 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  38.17 
 
 
132 aa  90.1  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4341  putative transcriptional regulator MerR  37.98 
 
 
151 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>