More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1504 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  100 
 
 		 141 aa  287  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  75 
 
 		 140 aa  221  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  74.29 
 
 		 140 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  67.39 
 
 		 139 aa  192  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 141 aa  191  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  68.94 
 
 		 157 aa  189  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  67.42 
 
 		 174 aa  186  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  59.29 
 
 		 140 aa  176  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  59.29 
 
 		 140 aa  176  7e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  61.31 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 140 aa  167  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  55 
 
 		 140 aa  168  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  61.19 
 
 		 141 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  59.7 
 
 		 161 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  59.85 
 
 		 146 aa  160  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0211  MerR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 140 aa  159  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 142 aa  158  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 142 aa  158  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  50.74 
 
 		 162 aa  147  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  54.55 
 
 		 142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 134 aa  142  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 145 aa  141  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 137 aa  140  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 137 aa  136  8.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 138 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  49.26 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 137 aa  134  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 136 aa  134  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4070  transcriptional regulator, MerR family  57.14 
 
 		 132 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.336663 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 139 aa  127  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 141 aa  127  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  48.46 
 
 		 133 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 140 aa  125  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  47.24 
 
 		 133 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4119  MerR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 137 aa  123  8.000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 137 aa  122  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  47.69 
 
 		 133 aa  121  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 140 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 131 aa  118  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 152 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 140 aa  117  7e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2931  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 138 aa  115  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.68732 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 152 aa  110  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4323  MerR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 146 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4426  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3461  transcriptional regulator, MerR family protein  45.26 
 
 		 146 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  44.85 
 
 		 186 aa  108  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  46.46 
 
 		 156 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 151 aa  103  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  42.64 
 
 		 132 aa  103  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  46.46 
 
 		 156 aa  103  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1199  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 138 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00877844  normal  0.661473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  42.06 
 
 		 148 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  41.86 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 151 aa  101  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  41.27 
 
 		 148 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 157 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 140 aa  99.8  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 150 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  42.31 
 
 		 145 aa  99.4  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1816  transcriptional regulator, MerR family  39.69 
 
 		 144 aa  99  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.228936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2322  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 139 aa  99  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  39.1 
 
 		 135 aa  97.8  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2173  regulatory protein, MerR  34.59 
 
 		 147 aa  97.4  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 136 aa  97.4  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  41.41 
 
 		 144 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 132 aa  96.7  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 126 aa  96.3  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  36.84 
 
 		 133 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 144 aa  96.7  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1642  transcriptional regulator, MerR family  39.23 
 
 		 143 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5283  transcriptional regulator, MerR family  39.23 
 
 		 143 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2819  transcriptional regulator, MerR family protein  35.71 
 
 		 129 aa  95.5  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.8 
 
 		 135 aa  95.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 147 aa  95.1  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  38.64 
 
 		 132 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  37.69 
 
 		 129 aa  94.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1973  MerR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 154 aa  94.7  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0230  MerR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 154 aa  94.7  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1346  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 136 aa  94.7  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3156  MerR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 146 aa  94.4  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215145  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0853  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 146 aa  94.4  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  37.69 
 
 		 129 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 154 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>