More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5562 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  100 
 
 		 139 aa  283  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  68.35 
 
 		 141 aa  203  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  66.19 
 
 		 140 aa  192  9e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  66.19 
 
 		 140 aa  192  9e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  67.39 
 
 		 141 aa  192  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 157 aa  189  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  66.17 
 
 		 174 aa  187  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  63.04 
 
 		 140 aa  184  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  63.77 
 
 		 140 aa  184  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 140 aa  177  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 142 aa  174  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 146 aa  172  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  61.48 
 
 		 141 aa  169  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  59.85 
 
 		 161 aa  167  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 142 aa  167  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 142 aa  167  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0211  MerR family transcriptional regulator  55.47 
 
 		 140 aa  162  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  55.47 
 
 		 140 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 145 aa  156  9e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  56.3 
 
 		 142 aa  154  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 162 aa  154  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  50.76 
 
 		 137 aa  144  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 137 aa  144  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 134 aa  143  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  53.91 
 
 		 133 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 138 aa  140  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 137 aa  140  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  50.76 
 
 		 137 aa  140  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 136 aa  140  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 139 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4070  transcriptional regulator, MerR family  57.94 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.336663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  48.82 
 
 		 133 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4119  MerR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 137 aa  121  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 139 aa  120  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  46.46 
 
 		 133 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2931  MerR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.68732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 140 aa  118  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 140 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 140 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1199  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00877844  normal  0.661473 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 141 aa  113  8.999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4426  MerR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 134 aa  110  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  44.36 
 
 		 186 aa  110  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  40.48 
 
 		 148 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  41.27 
 
 		 148 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 151 aa  105  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4323  MerR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 146 aa  104  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3461  transcriptional regulator, MerR family protein  41.22 
 
 		 146 aa  104  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 140 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 147 aa  103  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  45.13 
 
 		 156 aa  102  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5283  transcriptional regulator, MerR family  40.46 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  45.13 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1642  transcriptional regulator, MerR family  40.46 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  38.93 
 
 		 151 aa  101  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 147 aa  100  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 151 aa  100  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  41.22 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 151 aa  100  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1346  MerR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 136 aa  100  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 149 aa  100  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2024  MerR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 129 aa  100  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 147 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46190  cadmium responsive transcriptional regulator, merR family  40.43 
 
 		 152 aa  99.8  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.719382  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  40.46 
 
 		 144 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1816  transcriptional regulator, MerR family  38.93 
 
 		 144 aa  98.6  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.228936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 157 aa  99  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 147 aa  99.4  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1241  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 144 aa  98.2  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 172 aa  98.2  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0800  MerR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 142 aa  97.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.876996 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3156  MerR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 146 aa  97.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215145  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  36.72 
 
 		 135 aa  97.8  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 150 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  38.64 
 
 		 143 aa  96.3  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 144 aa  96.3  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 155 aa  96.7  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 134 aa  96.7  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 175 aa  96.3  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 152 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3724  zinc-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299789  hitchhiker  0.00578388 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 141 aa  95.9  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  40.77 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1339  transcriptional regulator of MerR family protein  33.33 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>