More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1961 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
134 aa  273  6e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4158  MerR family transcriptional regulator  58.96 
 
 
135 aa  166  9e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.144769 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0230  MerR family transcriptional regulator  62.2 
 
 
154 aa  166  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1973  MerR family transcriptional regulator  62.2 
 
 
154 aa  166  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  59.84 
 
 
186 aa  153  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  55.04 
 
 
151 aa  149  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  55.04 
 
 
151 aa  149  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  52.71 
 
 
132 aa  146  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4323  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 
146 aa  146  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2302  MerR family transcriptional regulator  52.71 
 
 
132 aa  146  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000169784  hitchhiker  0.000117286 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3461  transcriptional regulator, MerR family protein  56.69 
 
 
146 aa  146  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  49.24 
 
 
150 aa  144  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  54.33 
 
 
144 aa  143  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2149  transcriptional regulator, MerR family  51.16 
 
 
132 aa  142  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.705718  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1241  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 
144 aa  142  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3563  transcriptional regulator, MerR family  51.18 
 
 
157 aa  142  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2633  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  51.16 
 
 
162 aa  141  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  53.49 
 
 
156 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  53.49 
 
 
156 aa  140  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  51.97 
 
 
149 aa  140  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5283  transcriptional regulator, MerR family  51.88 
 
 
143 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1816  transcriptional regulator, MerR family  55.12 
 
 
144 aa  138  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.228936 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  52.76 
 
 
132 aa  138  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1642  transcriptional regulator, MerR family  51.88 
 
 
143 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349097  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  53.54 
 
 
148 aa  136  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  48.12 
 
 
143 aa  136  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  51.97 
 
 
145 aa  135  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  51.97 
 
 
147 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1336  MerR family transcriptional regulator  48.51 
 
 
146 aa  134  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.200551  normal  0.195494 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1657  putative transcriptional regulator  50.39 
 
 
159 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00996367  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
147 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  51.97 
 
 
148 aa  134  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
147 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
147 aa  133  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46190  cadmium responsive transcriptional regulator, merR family  51.94 
 
 
152 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.719382  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4438  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 
143 aa  131  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2024  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
129 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05447  transcription regulator protein  45.67 
 
 
170 aa  130  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.015587 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02024  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 
138 aa  130  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 
144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4808  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 
160 aa  127  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.820733 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3731  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 
160 aa  127  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0123  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 
143 aa  128  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329923  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0113  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 
143 aa  128  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0122  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3303  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 
143 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1346  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
136 aa  126  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3291  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0853  MerR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2975  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.501139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0151  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636208  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3334  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3037  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4020  transcriptional regulator CadR  46.88 
 
 
143 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1564  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2932  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 
143 aa  124  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327003  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3947  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  46.88 
 
 
143 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0123  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 
143 aa  124  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.169164  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0137  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 
143 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
175 aa  121  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3108  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
154 aa  121  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.798682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1402  MerR family transcriptional regulator  45.67 
 
 
133 aa  120  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87391  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0831  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 
145 aa  120  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  44.09 
 
 
143 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1407  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
134 aa  116  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
135 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3444  transcriptional regulator, MerR family  43.31 
 
 
144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0545873  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1103  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394367  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0882  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.656142 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0194  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0693  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0220  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0470  putative transcriptional regulator, MerR family  42.52 
 
 
133 aa  111  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0478  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
146 aa  111  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  111  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0894  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
135 aa  111  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2916  MerR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
154 aa  107  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221684  normal  0.314176 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1851  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
162 aa  106  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.138506  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
137 aa  104  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3299  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
149 aa  104  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3456  MerR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
149 aa  103  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 
135 aa  102  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
137 aa  102  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
142 aa  100  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  40.16 
 
 
133 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
137 aa  100  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2051  transcriptional regulator, MerR family  41.41 
 
 
158 aa  100  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2421  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  41.41 
 
 
158 aa  100  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.732276  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
137 aa  99.8  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
151 aa  99.8  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
138 aa  99.4  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
139 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
140 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
161 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  40.16 
 
 
141 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>