More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3623 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 142 aa  287  4e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 142 aa  287  4e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  73.19 
 
 		 142 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  64.96 
 
 		 146 aa  181  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  57.78 
 
 		 139 aa  167  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  59.12 
 
 		 141 aa  167  5e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 161 aa  166  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0211  MerR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 140 aa  165  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 137 aa  163  9e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 142 aa  160  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 145 aa  160  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 137 aa  158  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  55.3 
 
 		 141 aa  158  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 140 aa  157  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 162 aa  156  7e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  55.64 
 
 		 140 aa  156  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  55.64 
 
 		 140 aa  156  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  53.68 
 
 		 140 aa  155  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  52.94 
 
 		 140 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 141 aa  153  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  51.13 
 
 		 140 aa  149  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 134 aa  147  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 157 aa  147  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 174 aa  145  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 137 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 140 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 140 aa  144  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 139 aa  144  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 138 aa  144  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4119  MerR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 137 aa  143  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 137 aa  143  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  54.76 
 
 		 133 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 136 aa  141  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 137 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 139 aa  136  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2931  MerR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 138 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.68732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4070  transcriptional regulator, MerR family  60.95 
 
 		 132 aa  134  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.336663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  48.41 
 
 		 133 aa  131  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  46.56 
 
 		 133 aa  131  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 140 aa  131  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 141 aa  130  7.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4426  MerR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 134 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 131 aa  124  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1199  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 138 aa  115  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00877844  normal  0.661473 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 152 aa  115  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  45.24 
 
 		 144 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 141 aa  110  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2760  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  45.74 
 
 		 135 aa  110  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  45.67 
 
 		 156 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  41.22 
 
 		 135 aa  110  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4014  MerR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 144 aa  110  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  42.86 
 
 		 148 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  41.98 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  44.96 
 
 		 186 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  43.65 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  44.88 
 
 		 156 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  41.22 
 
 		 144 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 157 aa  107  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 147 aa  107  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4323  MerR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 146 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3461  transcriptional regulator, MerR family protein  39.58 
 
 		 146 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 175 aa  106  9.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 140 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2323  putative transcriptional regulator MerR  48.21 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1213  transcriptional regulator, MerR family  47.32 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.276419  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  40.48 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2129  putative transcriptional regulator MerR  47.32 
 
 		 144 aa  105  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  43.31 
 
 		 143 aa  105  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 150 aa  104  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4798  MerR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 136 aa  104  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4341  putative transcriptional regulator MerR  45.04 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0164  transcriptional regulator, MerR family  42.31 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.768188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0168  putative transcriptional regulator MerR  41.67 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2322  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  103  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2232  putative transcriptional regulator MerR  46.43 
 
 		 144 aa  103  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.620327  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0159  transcriptional regulator, MerR family  42.31 
 
 		 135 aa  103  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  102  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 144 aa  103  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 		 141 aa  102  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0094  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  42.19 
 
 		 136 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 		 134 aa  102  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 126 aa  102  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1217  putative transcriptional regulator MerR  47.79 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>