More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1785 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
134 aa  277  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1915  MerR family transcriptional regulator  58.33 
 
 
136 aa  160  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3690  regulatory protein, MerR  55.73 
 
 
143 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  52.76 
 
 
138 aa  150  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  51.18 
 
 
147 aa  151  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  53.97 
 
 
149 aa  150  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.08 
 
 
144 aa  150  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.49 
 
 
134 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.49 
 
 
134 aa  149  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.49 
 
 
134 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  51.18 
 
 
154 aa  148  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
139 aa  147  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  49.23 
 
 
154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  50.77 
 
 
152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
159 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
134 aa  144  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 
138 aa  144  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
134 aa  144  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
134 aa  143  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 
132 aa  142  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  51.16 
 
 
139 aa  142  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
141 aa  141  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  51.59 
 
 
149 aa  141  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 
134 aa  140  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0032  MerR family transcriptional regulator  50.38 
 
 
134 aa  140  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 
134 aa  140  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  49.23 
 
 
159 aa  140  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  52.38 
 
 
149 aa  140  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  50.78 
 
 
151 aa  140  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50 
 
 
154 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50 
 
 
154 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50 
 
 
154 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50 
 
 
154 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50 
 
 
154 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 
134 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  47.69 
 
 
155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  48.82 
 
 
144 aa  138  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  51.97 
 
 
137 aa  138  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  49.61 
 
 
167 aa  137  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  46.92 
 
 
171 aa  137  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 
167 aa  137  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  50.39 
 
 
152 aa  136  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  50.39 
 
 
155 aa  136  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  47.69 
 
 
140 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  49.61 
 
 
159 aa  136  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  51.97 
 
 
136 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  51.56 
 
 
134 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  47.29 
 
 
149 aa  135  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  47.66 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
136 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
143 aa  134  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
136 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  51.59 
 
 
132 aa  134  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 
129 aa  134  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 
147 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  51.18 
 
 
132 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.29 
 
 
149 aa  133  7.000000000000001e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  51.18 
 
 
133 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 
143 aa  132  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  45.38 
 
 
159 aa  131  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
149 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
143 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  50.39 
 
 
132 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.79 
 
 
132 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1950  MerR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
149 aa  127  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.578606  normal  0.329857 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  46.46 
 
 
132 aa  127  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
128 aa  126  8.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  46.83 
 
 
157 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0023  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
239 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0089  MerR family transcriptional regulator  47.73 
 
 
137 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 
147 aa  124  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  46.03 
 
 
138 aa  122  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 
142 aa  120  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  42.19 
 
 
137 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  44.09 
 
 
142 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  44.88 
 
 
137 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
132 aa  118  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
132 aa  118  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
137 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  45.74 
 
 
135 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  42.52 
 
 
142 aa  117  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
142 aa  116  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  43.65 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  44.62 
 
 
131 aa  114  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
137 aa  113  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
133 aa  111  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
130 aa  111  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  42.31 
 
 
169 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
182 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
166 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
129 aa  108  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
133 aa  108  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  42.06 
 
 
132 aa  108  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
129 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  37.69 
 
 
139 aa  107  5e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>