More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2819 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2819  transcriptional regulator, MerR family protein  100 
 
 
129 aa  259  6.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2173  regulatory protein, MerR  89.15 
 
 
147 aa  237  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2170  transcriptional regulator, MerR family  63.78 
 
 
133 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000807108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2868  MerR family transcriptional regulator  53.12 
 
 
129 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000311414  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1955  MerR family transcriptional regulator  48.82 
 
 
128 aa  127  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
175 aa  116  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0478  MerR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
146 aa  112  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0831  MerR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
145 aa  110  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3108  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
154 aa  107  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.798682  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1103  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
135 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394367  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
135 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
135 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
135 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
135 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
135 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0882  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
135 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.656142 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2633  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 
162 aa  101  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
135 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1407  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
134 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3731  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
160 aa  100  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4808  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
160 aa  100  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.820733 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
141 aa  100  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0894  MerR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
135 aa  100  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3563  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 
157 aa  100  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0220  MerR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
135 aa  100  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0194  MerR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
135 aa  100  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0470  putative transcriptional regulator, MerR family  39.23 
 
 
133 aa  100  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05447  transcription regulator protein  37.8 
 
 
170 aa  99.4  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.015587 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1851  MerR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
162 aa  99.4  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.138506  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.76 
 
 
132 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
135 aa  98.2  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  38.76 
 
 
132 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1402  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
133 aa  97.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87391  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3299  MerR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
149 aa  96.3  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.27 
 
 
134 aa  95.9  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  35.71 
 
 
141 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
149 aa  95.5  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
142 aa  95.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
142 aa  95.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
149 aa  95.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 
134 aa  95.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
137 aa  95.1  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46190  cadmium responsive transcriptional regulator, merR family  40.16 
 
 
152 aa  95.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.719382  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 
134 aa  95.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
141 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
152 aa  95.1  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3456  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
149 aa  94.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1657  putative transcriptional regulator  40.16 
 
 
159 aa  94.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00996367  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
145 aa  94.4  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
147 aa  94  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3444  transcriptional regulator, MerR family  35.66 
 
 
144 aa  94  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0545873  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
147 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
139 aa  93.6  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  37.8 
 
 
151 aa  92.8  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  37.8 
 
 
151 aa  92.8  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
131 aa  93.2  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 
144 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
134 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
147 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
137 aa  92.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  39.53 
 
 
132 aa  92.8  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 
134 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
146 aa  92  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
141 aa  92.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  34.88 
 
 
138 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
150 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
137 aa  92  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
171 aa  92.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  37.69 
 
 
144 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2421  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 
158 aa  92  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.732276  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  37.3 
 
 
133 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2051  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 
158 aa  92  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  36.43 
 
 
143 aa  91.7  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
137 aa  91.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
147 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
147 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2975  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.501139  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
144 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0151  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636208  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.38 
 
 
135 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3037  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3291  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02024  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  36.22 
 
 
138 aa  91.3  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  39.37 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3947  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.38 
 
 
135 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3334  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1564  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4020  transcriptional regulator CadR  36.43 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
136 aa  91.3  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  34.38 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  34.38 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.1 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.38 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  34.38 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.38 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.38 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.38 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
132 aa  90.5  7e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  40.32 
 
 
155 aa  90.5  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>