More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3408 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  100 
 
 		 171 aa  353  5e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  73.89 
 
 		 163 aa  237  5.999999999999999e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  74.67 
 
 		 157 aa  234  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  69.64 
 
 		 176 aa  233  9e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  68.45 
 
 		 171 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  72.85 
 
 		 157 aa  230  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  74 
 
 		 157 aa  230  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  67.47 
 
 		 173 aa  230  7.000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  68.45 
 
 		 171 aa  230  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  69.05 
 
 		 176 aa  230  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  73.33 
 
 		 156 aa  229  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  73.03 
 
 		 153 aa  228  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  75.17 
 
 		 159 aa  228  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  73.83 
 
 		 159 aa  226  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  74 
 
 		 158 aa  226  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  76.69 
 
 		 177 aa  217  6e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  62.42 
 
 		 144 aa  192  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  50 
 
 		 144 aa  142  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  51.15 
 
 		 139 aa  142  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  50 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  50 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  48.48 
 
 		 132 aa  141  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  46.97 
 
 		 133 aa  138  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  46.97 
 
 		 132 aa  136  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  45.07 
 
 		 143 aa  134  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  47.01 
 
 		 141 aa  131  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  47.01 
 
 		 141 aa  131  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  47.01 
 
 		 141 aa  131  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  47.01 
 
 		 141 aa  130  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  47.01 
 
 		 141 aa  130  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3724  zinc-responsive transcriptional regulator  44.78 
 
 		 141 aa  128  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299789  hitchhiker  0.00578388 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  42.36 
 
 		 140 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  37.98 
 
 		 142 aa  101  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  40.77 
 
 		 155 aa  101  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3563  transcriptional regulator, MerR family  36.5 
 
 		 157 aa  100  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  41.09 
 
 		 135 aa  99.8  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  37.33 
 
 		 148 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  37.33 
 
 		 148 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 150 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 149 aa  95.5  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  37.4 
 
 		 132 aa  95.1  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4421  MerR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 139 aa  95.1  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0298638  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 153 aa  94.7  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  37.4 
 
 		 132 aa  94  8e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2149  transcriptional regulator, MerR family  40.77 
 
 		 132 aa  94  9e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.705718  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 143 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 152 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2302  MerR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 132 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000169784  hitchhiker  0.000117286 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 132 aa  93.2  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 149 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.96 
 
 		 154 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  39.06 
 
 		 133 aa  91.7  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2024  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  36.36 
 
 		 130 aa  91.3  7e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  35.95 
 
 		 151 aa  90.9  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  34.01 
 
 		 147 aa  90.9  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  38.58 
 
 		 138 aa  90.5  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1255  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  36.36 
 
 		 130 aa  90.5  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  43.93 
 
 		 135 aa  90.5  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1943  transcriptional regulator of MerR family protein  37.59 
 
 		 135 aa  89.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.555422  normal  0.0105773 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 134 aa  88.6  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  38.28 
 
 		 151 aa  88.6  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  38.28 
 
 		 151 aa  88.6  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 172 aa  89.4  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 171 aa  89  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 173 aa  88.6  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  34.23 
 
 		 154 aa  89  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  36.11 
 
 		 159 aa  88.6  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.81 
 
 		 135 aa  88.6  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  38.35 
 
 		 133 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 141 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 132 aa  88.2  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 146 aa  87.8  6e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 159 aa  87.8  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 159 aa  87.8  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3793  transcriptional regulator, MerR family  34.59 
 
 		 139 aa  87.8  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.46 
 
 		 132 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02955  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  34.38 
 
 		 128 aa  87.4  8e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0202543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 147 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  37.14 
 
 		 158 aa  87  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  37.14 
 
 		 158 aa  87  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1934  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.210113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 138 aa  86.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 147 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  38.76 
 
 		 133 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1851  MerR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 162 aa  86.3  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.138506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  35.97 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46190  cadmium responsive transcriptional regulator, merR family  37.5 
 
 		 152 aa  86.3  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.719382  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  37.96 
 
 		 129 aa  86.3  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 147 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>