299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1753 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  100 
 
 		 251 aa  505  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2837  radical SAM domain-containing protein  49.79 
 
 		 243 aa  207  1e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1098  radical SAM domain-containing protein  42.68 
 
 		 246 aa  179  4.999999999999999e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2847  radical SAM family protein  42.13 
 
 		 247 aa  151  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512992  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0707  Radical SAM domain protein  38.26 
 
 		 227 aa  128  9.000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.654115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0642  radical SAM domain-containing protein  39.74 
 
 		 216 aa  124  1e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  38.3 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  38.56 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1155  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  34.17 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  36.17 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0222  radical SAM domain-containing protein  31.78 
 
 		 241 aa  105  9e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0823  FO synthase subunit 2  31.4 
 
 		 256 aa  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000364278  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4937  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 245 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0465202  normal  0.450648 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  31.85 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  29.18 
 
 		 209 aa  95.1  1e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  37.62 
 
 		 202 aa  94.7  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  31.47 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  32.4 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1425  radical SAM domain protein  25.79 
 
 		 249 aa  93.6  3e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0196  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 		 247 aa  92.8  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0175  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0156  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  31.72 
 
 		 210 aa  91.7  9e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 		 258 aa  90.5  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0896  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  29.32 
 
 		 245 aa  88.6  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4051  radical SAM family protein  29.84 
 
 		 246 aa  88.6  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1974  radical activating enzyme, putative  29.03 
 
 		 251 aa  88.6  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0327  radical SAM domain-containing protein  28.81 
 
 		 247 aa  88.6  1e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  32.31 
 
 		 208 aa  87.8  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1232  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4183  radical SAM domain-containing protein  31.85 
 
 		 235 aa  87.8  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.0000810213  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1460  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387588  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1259  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1234  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1008  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 		 246 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1361  radical sam domain-containing protein  27.89 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.297058  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3716  radical activating protein  31.25 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.235387  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1899  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  28.63 
 
 		 247 aa  87  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3790  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  30.24 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1432  radical SAM domain protein  27.89 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000180517 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  35.15 
 
 		 211 aa  86.3  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3947  radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 238 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0197707  normal  0.0210663 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1499  radical SAM domain protein  28.63 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000307521  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1396  radical SAM domain protein  27.49 
 
 		 238 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0288655  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1066  radical SAM domain-containing protein  27.42 
 
 		 238 aa  85.9  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  37.14 
 
 		 226 aa  85.1  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  29.41 
 
 		 210 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  31.09 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0750  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  32.8 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0734  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1258  radical SAM domain-containing protein  25.5 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.503914  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  36.65 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  31.78 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  31.36 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  29.44 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1879  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00268762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3990  radical SAM domain-containing protein  29.75 
 
 		 215 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  30.77 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1825  radical activating enzyme  30.86 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.40401  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3495  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  29.32 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2348  radical SAM domain-containing protein  31.2 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0536039  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  30.17 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  32.2 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1877  radical activating enzyme  28.15 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.460246  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  31.12 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  31.17 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  33.61 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  32.45 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1772  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  28.4 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1950  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 		 253 aa  75.1  0.0000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  41.46 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0593  Radical SAM domain protein  33.86 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0283  Radical SAM domain protein  44.35 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.173391  normal  0.103255 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0580  hypothetical protein  28.88 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.894879  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0871  putative coenzyme PQQ synthesis protein  36.75 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.398462  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  31.61 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  30.58 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  33.33 
 
 		 212 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2014  radical activating enzyme  27.59 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  28.21 
 
 		 222 aa  72  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  28.87 
 
 		 213 aa  72  0.000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 213 aa  72  0.000000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  28.63 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  31.49 
 
 		 224 aa  71.6  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003398  queuosine Biosynthesis QueE Radical SAM  28.14 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0505  radical activating enzyme, putative  28.69 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.759738  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  32.07 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  32.28 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1100  radical SAM domain-containing protein  39.84 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7690  hypothetical protein  30.08 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  28.51 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>