277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4183 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4183  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 235 aa  476  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.0000810213  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2045  radical SAM family protein  75.74 
 
 		 235 aa  365  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3495  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  63.03 
 
 		 242 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3790  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  61.09 
 
 		 242 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4937  radical SAM domain-containing protein  64.56 
 
 		 245 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0465202  normal  0.450648 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3716  radical activating protein  60.66 
 
 		 255 aa  301  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.235387  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1008  radical SAM domain-containing protein  63.45 
 
 		 246 aa  300  9e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1974  radical activating enzyme, putative  62.03 
 
 		 251 aa  297  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4051  radical SAM family protein  60.5 
 
 		 246 aa  297  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1899  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  61.6 
 
 		 247 aa  295  5e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1772  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  46.06 
 
 		 244 aa  206  3e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0896  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  45.57 
 
 		 245 aa  205  5e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1460  radical SAM domain-containing protein  41.77 
 
 		 238 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387588  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1232  radical SAM domain-containing protein  41.35 
 
 		 238 aa  199  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1259  radical SAM domain-containing protein  41.35 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1234  radical SAM domain-containing protein  41.35 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1361  radical sam domain-containing protein  41.35 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.297058  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1432  radical SAM domain protein  41.35 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000180517 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1499  radical SAM domain protein  41.35 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000307521  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3947  radical SAM domain protein  40.51 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0197707  normal  0.0210663 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1396  radical SAM domain protein  40.08 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0288655  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1258  radical SAM domain-containing protein  39.66 
 
 		 238 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.503914  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0734  radical SAM domain-containing protein  40.77 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0750  radical SAM domain-containing protein  40.77 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1066  radical SAM domain-containing protein  39.24 
 
 		 238 aa  181  7e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0371  exsD protein  37.09 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0871  putative coenzyme PQQ synthesis protein  37.82 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.398462  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  31.78 
 
 		 209 aa  103  3e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  33.61 
 
 		 212 aa  91.7  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  30.96 
 
 		 212 aa  90.1  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  32.62 
 
 		 210 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  32.49 
 
 		 216 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  32.62 
 
 		 210 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  31.85 
 
 		 251 aa  87.8  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2837  radical SAM domain-containing protein  31.82 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  32.34 
 
 		 210 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  28.81 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  28.98 
 
 		 245 aa  85.5  7e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116029 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  26.38 
 
 		 208 aa  85.1  8e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  27.53 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 		 210 aa  84.7  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  29.48 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1098  radical SAM domain-containing protein  32.22 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  31.33 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  31.36 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  30.86 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  27.13 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  32.62 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  30.8 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  32.64 
 
 		 232 aa  81.6  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  29.41 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  31.87 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  31.49 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  31.65 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  31.49 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  33.51 
 
 		 205 aa  78.2  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  30.67 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  33.51 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1715  organic radical activating enzyme  31.44 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0221743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  32.64 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4533  radical activating enzyme  29.79 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  31.09 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 217 aa  75.1  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  28.99 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  33.33 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 260 aa  72  0.000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  28.76 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 		 226 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06800  hypothetical protein  32.26 
 
 		 210 aa  71.6  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0516243  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  30.89 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0743  radical SAM family protein  28.74 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000550724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  25.76 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2067  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0974345  normal  0.133919 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0659  Radical SAM domain protein  27.16 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.815067  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1100  radical SAM domain-containing protein  32.28 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0430  radical activating enzyme, putative  30.58 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0822  hypothetical protein  26.67 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0808  radical SAM domain-containing protein  35.48 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  32.76 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  25.65 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  28.51 
 
 		 215 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  28.51 
 
 		 215 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  32.22 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  33.33 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  35.34 
 
 		 280 aa  68.6  0.00000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  38.46 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0659  Radical SAM domain protein  34.48 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.917391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  28.94 
 
 		 264 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000920323  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  28.27 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  28.51 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  29.44 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>