More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2203 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  100 
 
 		 216 aa  434  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  70.51 
 
 		 223 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  69.05 
 
 		 212 aa  302  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  69.34 
 
 		 213 aa  300  1e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  66.82 
 
 		 234 aa  291  7e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  66.19 
 
 		 227 aa  285  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  62.09 
 
 		 212 aa  285  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  63.33 
 
 		 217 aa  279  2e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4533  radical activating enzyme  64.15 
 
 		 215 aa  279  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  62.86 
 
 		 217 aa  276  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  63.21 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  62.74 
 
 		 226 aa  274  9e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4399  radical SAM family protein  61.79 
 
 		 215 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  62.26 
 
 		 264 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000920323  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3969  radical SAM domain protein  62.26 
 
 		 215 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0978763  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  63.33 
 
 		 213 aa  269  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3990  radical SAM domain-containing protein  61.79 
 
 		 215 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  60.93 
 
 		 216 aa  268  5e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1418  radical SAM family protein  61.79 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  60.85 
 
 		 215 aa  266  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  60.85 
 
 		 215 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  60.85 
 
 		 215 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  59.52 
 
 		 213 aa  262  3e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  59.52 
 
 		 213 aa  262  3e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2019  hypothetical protein  58.57 
 
 		 217 aa  260  1e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2024  hypothetical protein  58.57 
 
 		 217 aa  259  2e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  61.9 
 
 		 232 aa  258  5.0000000000000005e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  60 
 
 		 214 aa  257  8e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  60 
 
 		 214 aa  257  8e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  64.29 
 
 		 215 aa  257  9e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  56.07 
 
 		 227 aa  245  3e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  52.44 
 
 		 245 aa  243  9.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36610  Radical SAM protein  61.66 
 
 		 193 aa  238  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506067  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  52 
 
 		 244 aa  234  7e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  50.22 
 
 		 244 aa  230  1e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  51.18 
 
 		 212 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1702  Radical SAM domain protein  49.53 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.86531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  52.17 
 
 		 215 aa  202  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1766  Radical SAM domain protein  46.48 
 
 		 220 aa  192  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.988544  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  47.49 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0505  radical activating enzyme, putative  45.5 
 
 		 226 aa  186  2e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.759738  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1979  radical SAM domain-containing protein  45.02 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1879  Radical SAM domain protein  46.01 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00268762 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0430  radical activating enzyme, putative  45.5 
 
 		 223 aa  184  7e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  48.06 
 
 		 210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  48.06 
 
 		 210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  47.09 
 
 		 210 aa  181  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  42.31 
 
 		 210 aa  179  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  46.6 
 
 		 210 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2280  Radical SAM domain protein  44.91 
 
 		 223 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.28532  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  43.2 
 
 		 211 aa  168  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  46.57 
 
 		 202 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  36.97 
 
 		 209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  45.1 
 
 		 202 aa  161  8.000000000000001e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  43.07 
 
 		 202 aa  149  3e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  36.49 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0283  Radical SAM domain protein  42.65 
 
 		 202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.173391  normal  0.103255 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  40.2 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1950  Radical SAM domain protein  39.01 
 
 		 253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0642  radical SAM domain-containing protein  37.79 
 
 		 216 aa  101  9e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  36.11 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  31.09 
 
 		 258 aa  97.1  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  38.28 
 
 		 208 aa  96.3  3e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  41.12 
 
 		 220 aa  96.3  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  34.23 
 
 		 216 aa  96.7  3e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2045  radical SAM family protein  33.33 
 
 		 235 aa  95.5  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  34.7 
 
 		 216 aa  94  1e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  31.58 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  40.71 
 
 		 195 aa  88.6  6e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4183  radical SAM domain-containing protein  32.49 
 
 		 235 aa  88.2  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.0000810213  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  34.22 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  30.13 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  29.47 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3790  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  30.04 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  37.61 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  29.74 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  29.78 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1715  organic radical activating enzyme  26.98 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0221743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  39.84 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  26.45 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0634  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3495  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  31.43 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  32.2 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0318  queuosine biosynthesis protein QueE  31.51 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.321571  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0856  hypothetical protein  37.3 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3716  radical activating protein  29.44 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.235387  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  29.82 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  36.75 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4051  radical SAM family protein  30.58 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1772  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  29.13 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  35.59 
 
 		 280 aa  76.3  0.0000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0896  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  27.6 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  30.66 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1098  radical SAM domain-containing protein  31.65 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  34.4 
 
 		 224 aa  74.7  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1783  putative organic radical activating protein  27.23 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.644545  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  29.47 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3374  hypothetical protein  36.07 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0707  Radical SAM domain protein  30.73 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.654115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>