More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0642 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0642  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 216 aa  435  1e-121  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  77.78 
 
 		 216 aa  352  2e-96  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  75 
 
 		 216 aa  327  6e-89  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  72.22 
 
 		 216 aa  318  6e-86  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0707  Radical SAM domain protein  38.64 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.654115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2847  radical SAM family protein  35.47 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512992  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  38.46 
 
 		 210 aa  125  6e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  39.74 
 
 		 251 aa  124  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.55771 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  36.36 
 
 		 208 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  36.86 
 
 		 231 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  35.43 
 
 		 209 aa  107  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2837  radical SAM domain-containing protein  35.53 
 
 		 243 aa  106  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  37.79 
 
 		 216 aa  101  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  32.77 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  35.02 
 
 		 217 aa  99  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  33.33 
 
 		 212 aa  99  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  34.54 
 
 		 258 aa  98.6  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  38.12 
 
 		 227 aa  98.2  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  35.5 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  34 
 
 		 258 aa  97.8  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1098  radical SAM domain-containing protein  33.62 
 
 		 246 aa  95.9  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  40.7 
 
 		 202 aa  94.7  9e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 280 aa  94  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  34.1 
 
 		 217 aa  94.7  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  33.2 
 
 		 260 aa  93.2  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  37.06 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  33.93 
 
 		 215 aa  92  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2024  hypothetical protein  33.33 
 
 		 217 aa  92  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  33.18 
 
 		 213 aa  92  6e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  33.18 
 
 		 213 aa  92  6e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  32.4 
 
 		 274 aa  91.7  7e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  30.81 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  32 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  32.87 
 
 		 216 aa  89.7  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  40.13 
 
 		 202 aa  89  5e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  30.3 
 
 		 222 aa  88.6  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2019  hypothetical protein  32.87 
 
 		 217 aa  88.6  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  32.87 
 
 		 213 aa  88.2  8e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  32.27 
 
 		 212 aa  88.2  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  37.58 
 
 		 202 aa  87.8  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2163  radical activating enzyme  30.81 
 
 		 222 aa  87.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2116  radical activating enzyme  30.5 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.054229  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 		 220 aa  87  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0978  hypothetical protein  31.71 
 
 		 245 aa  86.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1772  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  32.37 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2058  radical activating enzyme  29.8 
 
 		 222 aa  86.3  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00725057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  32.11 
 
 		 233 aa  85.9  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  26.87 
 
 		 226 aa  85.1  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2162  radical activating enzyme  30.35 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.221208  normal  0.837279 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  29.96 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  32.73 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  33.93 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4540  hypothetical protein  30.5 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  30.5 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0175  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  52.63 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2268  radical activating enzyme  30.35 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00320351  normal  0.189151 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0156  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  30.13 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  30.57 
 
 		 244 aa  81.6  0.000000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0196  radical SAM domain-containing protein  25.2 
 
 		 247 aa  81.6  0.000000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  33.16 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1425  radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  33.03 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  43.75 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1783  putative organic radical activating protein  31.98 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.644545  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  33.16 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2348  radical SAM domain-containing protein  28.44 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1100  radical SAM domain-containing protein  31.31 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0580  hypothetical protein  29.35 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.894879  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  35.16 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  31.96 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  31.96 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  34.76 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  30.41 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  31.54 
 
 		 224 aa  78.2  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  31.82 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18811  putative organic radical activating protein  31.98 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.533025  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3374  hypothetical protein  36.07 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0856  hypothetical protein  31.37 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3229  radical SAM domain-containing protein  30.2 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000624181  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  44.23 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0808  radical SAM domain-containing protein  31.34 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7690  hypothetical protein  32.3 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1825  radical activating enzyme  28.5 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.40401  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  29 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3969  radical SAM domain protein  31.78 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0978763  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  33.8 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2960  radical SAM family protein  26.5 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2067  Radical SAM domain protein  34.97 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0974345  normal  0.133919 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  31.88 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  33.8 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0896  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  29.58 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  31.2 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000920323  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0871  putative coenzyme PQQ synthesis protein  28.63 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.398462  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  31 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2599  organic radical activating protein  40.48 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.836809  normal  0.140596 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19001  putative organic radical activating protein  34.62 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.843472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>