More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1943 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 260 aa  535  1e-151  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  44 
 
 		 280 aa  187  1e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  42.92 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  41.18 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  41.47 
 
 		 258 aa  183  3e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  43.46 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  48.44 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1098  radical SAM domain-containing protein  32.14 
 
 		 246 aa  106  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  35.1 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  34.74 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  45.63 
 
 		 202 aa  98.6  9e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  32.4 
 
 		 216 aa  98.6  9e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 		 209 aa  97.8  1e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2847  radical SAM family protein  31.4 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512992  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  35.56 
 
 		 213 aa  97.1  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  31.62 
 
 		 216 aa  97.4  2e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2837  radical SAM domain-containing protein  30.26 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  32.13 
 
 		 216 aa  96.7  3e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  34.6 
 
 		 233 aa  96.7  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  35.36 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  31.47 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2024  hypothetical protein  39.16 
 
 		 217 aa  93.6  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0642  radical SAM domain-containing protein  33.2 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 		 210 aa  92.4  7e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  29.24 
 
 		 217 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3969  radical SAM domain protein  35.39 
 
 		 215 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0978763  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2019  hypothetical protein  37.76 
 
 		 217 aa  91.3  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  33.15 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  41.12 
 
 		 217 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1418  radical SAM family protein  34.83 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4399  radical SAM family protein  34.27 
 
 		 215 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  31.51 
 
 		 232 aa  89  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  40.16 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3990  radical SAM domain-containing protein  33.15 
 
 		 215 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  31.86 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  34.22 
 
 		 216 aa  87.8  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  44.23 
 
 		 213 aa  87.8  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  41.94 
 
 		 206 aa  87  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  41.03 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4533  radical activating enzyme  32.8 
 
 		 215 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  41.74 
 
 		 234 aa  87.8  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  32.26 
 
 		 264 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000920323  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  32.02 
 
 		 215 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  39.81 
 
 		 225 aa  87  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  40.78 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  38.33 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0327  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  33.15 
 
 		 215 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  33.15 
 
 		 215 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  39.42 
 
 		 213 aa  85.1  9e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  39.42 
 
 		 213 aa  85.1  9e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0156  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 247 aa  85.1  0.000000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  39.01 
 
 		 214 aa  84.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  41.75 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  39.01 
 
 		 214 aa  84.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  44.44 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  42.99 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0823  FO synthase subunit 2  27.21 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000364278  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0196  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1425  radical SAM domain protein  26.74 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  43.48 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  41.75 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  31.75 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  35.62 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  41.73 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0175  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  41.67 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  41.67 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0505  radical activating enzyme, putative  33.53 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.759738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1571  hypothetical protein  38.69 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.794785 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  41.67 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1300  hypothetical protein  41.67 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  36.75 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  41.22 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0896  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  28.35 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3190  hypothetical protein  32.86 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.241224  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  41.18 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1837  hypothetical protein  42.11 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0997579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1782  organic radical activating enzyme  35.88 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330721  normal  0.904053 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  39.68 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1198  hypothetical protein  39.39 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.792067  normal  0.949639 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  36.04 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  36.5 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0487  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1848  hypothetical protein  37.23 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361359  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2960  radical SAM family protein  34.81 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29591  putative organic radical activating protein  40.77 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  40.78 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1772  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  28.74 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  39.13 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1403  organic radical activating-like protein  38.64 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.962415  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1394  hypothetical protein  38.69 
 
 		 212 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0978  hypothetical protein  33.33 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2045  radical SAM family protein  29.59 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1382  hypothetical protein  39.39 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.41745  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1494  hypothetical protein  40.3 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18811  putative organic radical activating protein  37.3 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.533025  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  38.05 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>