257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3168 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 313 aa  613  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  44.37 
 
 		 333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  44.12 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  43.69 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  43.14 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  38.92 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  41.28 
 
 		 344 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  43.61 
 
 		 300 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  40.06 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  39.1 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  40.93 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  43.89 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  40.57 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  41.52 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  38.39 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  38.67 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  38.08 
 
 		 324 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  36.59 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  39.39 
 
 		 327 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  41.05 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  35.46 
 
 		 336 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  45 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  32.65 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  29.97 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  30.16 
 
 		 323 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  33.2 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  35.69 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  29.56 
 
 		 359 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  29.97 
 
 		 345 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  33.2 
 
 		 386 aa  102  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  33.47 
 
 		 342 aa  102  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  30.67 
 
 		 343 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.83 
 
 		 350 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.69 
 
 		 331 aa  101  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  32.12 
 
 		 355 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.14 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  29.58 
 
 		 344 aa  99.4  7e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  29.23 
 
 		 344 aa  99.4  8e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  30.26 
 
 		 321 aa  99  8e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  32.6 
 
 		 338 aa  97.1  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  34.21 
 
 		 342 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  27.82 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  32.34 
 
 		 417 aa  96.7  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  36.02 
 
 		 345 aa  95.9  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.57 
 
 		 361 aa  95.1  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  26.38 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  34.69 
 
 		 362 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  28 
 
 		 329 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  30.1 
 
 		 331 aa  95.1  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  25.32 
 
 		 380 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  29.54 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  26.98 
 
 		 381 aa  94  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  31.16 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  29.69 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.81 
 
 		 349 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  30.71 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.41 
 
 		 349 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  30.82 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  31.46 
 
 		 379 aa  91.3  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  30.22 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.45 
 
 		 349 aa  91.3  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  33.45 
 
 		 323 aa  90.9  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.74 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  28.51 
 
 		 350 aa  90.1  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  31.54 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.15 
 
 		 367 aa  89  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.89 
 
 		 363 aa  89  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1186  ApbE family lipoprotein  34.16 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0352655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  32.24 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  26.45 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  29.05 
 
 		 349 aa  87.8  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  28.48 
 
 		 336 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  28.09 
 
 		 341 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  27.24 
 
 		 379 aa  87.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  24.54 
 
 		 348 aa  86.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  31.72 
 
 		 337 aa  85.9  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  32.51 
 
 		 345 aa  85.9  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  26.58 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  30.68 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  30.29 
 
 		 350 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  31.07 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  28.34 
 
 		 347 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  31.08 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  30 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  32.14 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  27.49 
 
 		 338 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  25.78 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  22.78 
 
 		 336 aa  82.8  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  28.95 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  27.11 
 
 		 371 aa  82  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  27.66 
 
 		 341 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  22.43 
 
 		 350 aa  82  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.12 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  28.51 
 
 		 339 aa  81.3  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  26.67 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  25.31 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.45 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  26.86 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  31.93 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>