More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3042 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 304 aa  618  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  71.1 
 
 		 302 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  70.67 
 
 		 301 aa  441  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  69.67 
 
 		 301 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  69.67 
 
 		 301 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  67.67 
 
 		 301 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  60.54 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  56.68 
 
 		 307 aa  335  3.9999999999999995e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  53.87 
 
 		 312 aa  308  9e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  52.6 
 
 		 310 aa  298  8e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  50.82 
 
 		 310 aa  295  6e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 309 aa  288  8e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  50.82 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  51.17 
 
 		 342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  47.53 
 
 		 324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  47.53 
 
 		 324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  46.06 
 
 		 318 aa  280  2e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  48.51 
 
 		 366 aa  279  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 341 aa  279  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 341 aa  279  5e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 335 aa  278  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 354 aa  278  9e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 		 387 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 341 aa  276  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  48.18 
 
 		 412 aa  275  5e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  47.88 
 
 		 351 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  48.15 
 
 		 299 aa  271  7e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  48.01 
 
 		 363 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  47.23 
 
 		 368 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 		 366 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  53.46 
 
 		 306 aa  265  5.999999999999999e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 		 358 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 308 aa  256  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 311 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 320 aa  252  7e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 324 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  42.95 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  46.4 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 319 aa  208  8e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 308 aa  205  6e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 344 aa  201  9e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  39.02 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  44.57 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 314 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 307 aa  195  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  39.79 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  38.38 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  50.92 
 
 		 325 aa  193  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.17 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  38.33 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 317 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.27 
 
 		 292 aa  192  8e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  46.67 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>