More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1375 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  100 
 
 		 398 aa  805    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  65.09 
 
 		 389 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  64.05 
 
 		 390 aa  493  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.01 
 
 		 376 aa  392  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.94 
 
 		 380 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.48 
 
 		 376 aa  389  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  52.67 
 
 		 380 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.53 
 
 		 377 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.53 
 
 		 377 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.8 
 
 		 376 aa  383  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  53.07 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  53.6 
 
 		 377 aa  378  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  53.6 
 
 		 377 aa  378  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.33 
 
 		 377 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  52.8 
 
 		 377 aa  376  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  52.53 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  51.6 
 
 		 380 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  50.27 
 
 		 380 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  52.53 
 
 		 380 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  50.13 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.2 
 
 		 377 aa  361  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.35 
 
 		 433 aa  360  3e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.4 
 
 		 377 aa  358  9e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  51.3 
 
 		 390 aa  354  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.95 
 
 		 388 aa  353  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.22 
 
 		 388 aa  350  3e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  51.22 
 
 		 388 aa  349  5e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  51.76 
 
 		 388 aa  349  6e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.74 
 
 		 388 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.06 
 
 		 397 aa  342  5e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  47.58 
 
 		 387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  45.31 
 
 		 391 aa  336  3.9999999999999995e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  43.73 
 
 		 390 aa  332  6e-90  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  45.97 
 
 		 391 aa  332  6e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  44.77 
 
 		 391 aa  332  6e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  46.41 
 
 		 391 aa  330  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  46.51 
 
 		 387 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  46.77 
 
 		 387 aa  329  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  46.93 
 
 		 391 aa  329  6e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  45.99 
 
 		 387 aa  328  7e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  45.43 
 
 		 387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  45.43 
 
 		 387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  46.52 
 
 		 387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  46.26 
 
 		 387 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  45.68 
 
 		 371 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  47.24 
 
 		 391 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.05 
 
 		 392 aa  326  5e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  45.43 
 
 		 387 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  45.68 
 
 		 391 aa  324  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  46.4 
 
 		 388 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  45.25 
 
 		 391 aa  323  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  46.72 
 
 		 389 aa  323  4e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  45.4 
 
 		 391 aa  323  4e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  46.13 
 
 		 391 aa  322  7e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  44.97 
 
 		 391 aa  322  8e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  44.97 
 
 		 391 aa  322  8e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  44.97 
 
 		 391 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  45.4 
 
 		 391 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  45.4 
 
 		 391 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  44.97 
 
 		 391 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.16 
 
 		 376 aa  319  3.9999999999999996e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  46.93 
 
 		 359 aa  319  5e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  49.86 
 
 		 421 aa  315  6e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  42.39 
 
 		 389 aa  315  9.999999999999999e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.18 
 
 		 376 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  45.05 
 
 		 392 aa  309  6.999999999999999e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.83 
 
 		 403 aa  279  7e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.11 
 
 		 386 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.3 
 
 		 388 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.14 
 
 		 388 aa  271  1e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.8 
 
 		 390 aa  265  8e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.11 
 
 		 393 aa  262  6.999999999999999e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  37.57 
 
 		 400 aa  228  1e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.34 
 
 		 391 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  33.06 
 
 		 392 aa  175  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.15 
 
 		 379 aa  161  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  31.79 
 
 		 398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.81 
 
 		 404 aa  144  3e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.45 
 
 		 379 aa  143  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  32.25 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  31.77 
 
 		 427 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.65 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  32.14 
 
 		 423 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.22 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  29.72 
 
 		 420 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.39 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  31.09 
 
 		 390 aa  130  3e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  30.99 
 
 		 431 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  31.02 
 
 		 433 aa  129  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  31.32 
 
 		 423 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 402 aa  129  8.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  30.73 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.78 
 
 		 397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  28.28 
 
 		 527 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 402 aa  127  4.0000000000000003e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 		 420 aa  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  29.56 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  27.47 
 
 		 547 aa  124  2e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  34.6 
 
 		 421 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 		 403 aa  124  3e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>