More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4572 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  92.76 
 
 		 371 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  92.76 
 
 		 387 aa  688    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  100 
 
 		 359 aa  729    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  98.89 
 
 		 387 aa  722    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  94.99 
 
 		 387 aa  700    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  87.19 
 
 		 387 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  88.02 
 
 		 387 aa  659    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  92.76 
 
 		 387 aa  687    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  89.97 
 
 		 387 aa  667    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  89.97 
 
 		 387 aa  667    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  92.76 
 
 		 387 aa  688    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  81.06 
 
 		 391 aa  618  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  78.89 
 
 		 388 aa  604  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  76.6 
 
 		 391 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  74.65 
 
 		 391 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  74.93 
 
 		 391 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  74.65 
 
 		 391 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  74.93 
 
 		 391 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  73.82 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  73.82 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  73.82 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  73.82 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  74.09 
 
 		 391 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  74.09 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  73.82 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  74.09 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  67.58 
 
 		 392 aa  518  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  62.98 
 
 		 389 aa  480  1e-134  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  61.43 
 
 		 391 aa  476  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  60.61 
 
 		 391 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  59.94 
 
 		 390 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.02 
 
 		 392 aa  421  1e-117  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  49.72 
 
 		 377 aa  381  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.56 
 
 		 377 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50 
 
 		 377 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.56 
 
 		 380 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.28 
 
 		 376 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  49.72 
 
 		 380 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.28 
 
 		 377 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  50.83 
 
 		 380 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  49.72 
 
 		 377 aa  377  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.28 
 
 		 376 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  49.44 
 
 		 377 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  49.72 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.66 
 
 		 433 aa  376  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  49.72 
 
 		 380 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  49.72 
 
 		 377 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  48.61 
 
 		 380 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  49.72 
 
 		 377 aa  371  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.83 
 
 		 377 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  51.11 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.61 
 
 		 376 aa  360  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  48.91 
 
 		 388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.77 
 
 		 397 aa  352  4e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.37 
 
 		 388 aa  351  1e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.47 
 
 		 388 aa  348  9e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  46.47 
 
 		 388 aa  347  2e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.74 
 
 		 388 aa  345  6e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  48.37 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  50.14 
 
 		 421 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.94 
 
 		 376 aa  333  3e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  47.04 
 
 		 389 aa  332  7.000000000000001e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  46.76 
 
 		 390 aa  331  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  44.48 
 
 		 389 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  46.93 
 
 		 398 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.92 
 
 		 393 aa  303  3.0000000000000004e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.05 
 
 		 386 aa  293  2e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.72 
 
 		 376 aa  293  4e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.06 
 
 		 403 aa  285  7e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.11 
 
 		 390 aa  275  6e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.33 
 
 		 388 aa  265  8.999999999999999e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.33 
 
 		 388 aa  265  1e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  41.24 
 
 		 400 aa  247  2e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.77 
 
 		 391 aa  203  4e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  34.35 
 
 		 392 aa  194  2e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.7 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.55 
 
 		 379 aa  153  5e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.53 
 
 		 379 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.98 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  29.36 
 
 		 458 aa  149  6e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  33.98 
 
 		 434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  31.49 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  30.26 
 
 		 527 aa  143  4e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.81 
 
 		 387 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.97 
 
 		 381 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  29.5 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.5 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.47 
 
 		 420 aa  124  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  30 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  30.13 
 
 		 547 aa  123  5e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  28.81 
 
 		 421 aa  119  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  28.81 
 
 		 421 aa  119  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 		 418 aa  119  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  30.81 
 
 		 417 aa  118  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  27.3 
 
 		 414 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2027  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.65 
 
 		 406 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  30.09 
 
 		 414 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 		 417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  29.91 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>