More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1416 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  100 
 
 		 392 aa  815    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  67.35 
 
 		 387 aa  549  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  67.27 
 
 		 387 aa  546  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  67.53 
 
 		 387 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  66.07 
 
 		 387 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  67.53 
 
 		 387 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  66.07 
 
 		 387 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  67.53 
 
 		 387 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  66.75 
 
 		 387 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  65.82 
 
 		 387 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  65.8 
 
 		 388 aa  535  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  67.91 
 
 		 371 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  65.71 
 
 		 391 aa  534  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  67.58 
 
 		 359 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  62.86 
 
 		 391 aa  514  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  62.34 
 
 		 391 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  62.34 
 
 		 391 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  62.44 
 
 		 391 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  62.34 
 
 		 391 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 		 391 aa  508  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  62.08 
 
 		 391 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 		 391 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  63.12 
 
 		 391 aa  510  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  61.82 
 
 		 391 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  61.56 
 
 		 391 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 		 391 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  61.82 
 
 		 391 aa  503  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  58.18 
 
 		 389 aa  477  1e-133  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  54.78 
 
 		 391 aa  455  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  54.78 
 
 		 391 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  54.5 
 
 		 390 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.08 
 
 		 392 aa  412  1e-114  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.46 
 
 		 433 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  48.25 
 
 		 377 aa  362  7.0000000000000005e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  48.25 
 
 		 377 aa  362  7.0000000000000005e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  47.81 
 
 		 380 aa  359  4e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  48.09 
 
 		 380 aa  358  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  47.44 
 
 		 377 aa  358  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  47.54 
 
 		 380 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.17 
 
 		 377 aa  355  5.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.44 
 
 		 377 aa  355  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.27 
 
 		 380 aa  354  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  47.06 
 
 		 380 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  46.92 
 
 		 380 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.9 
 
 		 377 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.38 
 
 		 376 aa  351  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  47.01 
 
 		 377 aa  351  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.87 
 
 		 397 aa  347  2e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.2 
 
 		 377 aa  344  1e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.77 
 
 		 376 aa  345  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.98 
 
 		 377 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  46.45 
 
 		 380 aa  344  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  46.45 
 
 		 421 aa  342  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.97 
 
 		 376 aa  336  3.9999999999999995e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  45.48 
 
 		 388 aa  330  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.95 
 
 		 388 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  44.68 
 
 		 390 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  43.62 
 
 		 388 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.35 
 
 		 388 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.09 
 
 		 388 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  43.5 
 
 		 389 aa  312  5.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  43.23 
 
 		 389 aa  311  1e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.6 
 
 		 376 aa  308  8e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  45.05 
 
 		 398 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  42.41 
 
 		 390 aa  301  1e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.44 
 
 		 403 aa  299  6e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.09 
 
 		 376 aa  288  9e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.25 
 
 		 393 aa  270  2e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.9 
 
 		 386 aa  263  3e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.46 
 
 		 390 aa  259  7e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.54 
 
 		 388 aa  248  1e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.27 
 
 		 388 aa  246  4e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  35.26 
 
 		 400 aa  233  6e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 		 391 aa  202  9e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  31.32 
 
 		 392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.61 
 
 		 379 aa  145  9e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  31.91 
 
 		 434 aa  145  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  30.31 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.95 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.74 
 
 		 379 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  26.8 
 
 		 458 aa  140  3.9999999999999997e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.29 
 
 		 404 aa  139  7e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  28.89 
 
 		 390 aa  138  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.22 
 
 		 387 aa  137  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  28.47 
 
 		 394 aa  132  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  31.3 
 
 		 417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  30.85 
 
 		 414 aa  126  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 		 417 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.64 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2547  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.88 
 
 		 397 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.211268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  27.81 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  29.97 
 
 		 414 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.81 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  29.82 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  28.15 
 
 		 420 aa  120  4.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  27.89 
 
 		 527 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  28.23 
 
 		 417 aa  120  6e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  28.86 
 
 		 414 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  28.99 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>