More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3392 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  87.98 
 
 		 391 aa  733    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  87.72 
 
 		 391 aa  728    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  84.14 
 
 		 391 aa  713    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  87.98 
 
 		 391 aa  733    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  100 
 
 		 391 aa  812    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  87.98 
 
 		 391 aa  732    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  86.7 
 
 		 391 aa  725    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  87.98 
 
 		 391 aa  733    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  87.98 
 
 		 391 aa  732    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  87.98 
 
 		 391 aa  732    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  86.96 
 
 		 391 aa  733    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  87.98 
 
 		 391 aa  733    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  87.72 
 
 		 391 aa  731    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  74.42 
 
 		 391 aa  624  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  73.06 
 
 		 387 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  75.13 
 
 		 388 aa  604  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  72.99 
 
 		 387 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  71.76 
 
 		 387 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  71.76 
 
 		 387 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  72.8 
 
 		 387 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  72.02 
 
 		 387 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  72.54 
 
 		 387 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  72.8 
 
 		 387 aa  604  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  70.98 
 
 		 387 aa  598  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  73.32 
 
 		 371 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  74.65 
 
 		 359 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  62.44 
 
 		 392 aa  513  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  57.58 
 
 		 391 aa  474  1e-132  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  56.81 
 
 		 391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  55.61 
 
 		 390 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  55.99 
 
 		 389 aa  461  9.999999999999999e-129  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  55.73 
 
 		 392 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.38 
 
 		 377 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.38 
 
 		 377 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.26 
 
 		 380 aa  391  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  50 
 
 		 380 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  51.1 
 
 		 377 aa  388  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  50.26 
 
 		 377 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  49.47 
 
 		 380 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  49.21 
 
 		 380 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  50 
 
 		 380 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.83 
 
 		 377 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  51.1 
 
 		 377 aa  384  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  51.1 
 
 		 377 aa  384  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.08 
 
 		 433 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  48.95 
 
 		 380 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.49 
 
 		 377 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.73 
 
 		 376 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  49.74 
 
 		 380 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.67 
 
 		 377 aa  373  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.67 
 
 		 376 aa  366  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.4 
 
 		 376 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  50.13 
 
 		 388 aa  363  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.06 
 
 		 397 aa  357  2.9999999999999997e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.92 
 
 		 388 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  48.92 
 
 		 388 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.39 
 
 		 388 aa  349  5e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.54 
 
 		 388 aa  347  3e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  47.84 
 
 		 390 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  47.07 
 
 		 421 aa  342  4e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.78 
 
 		 376 aa  332  5e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  44.56 
 
 		 390 aa  331  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  44.05 
 
 		 389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  43.42 
 
 		 389 aa  324  2e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  46.41 
 
 		 398 aa  323  3e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.08 
 
 		 376 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.75 
 
 		 403 aa  298  1e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.28 
 
 		 393 aa  293  4e-78  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.01 
 
 		 386 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.75 
 
 		 390 aa  276  5e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.76 
 
 		 388 aa  251  2e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.76 
 
 		 388 aa  251  2e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  36.7 
 
 		 400 aa  233  5e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.93 
 
 		 391 aa  206  4e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  32.89 
 
 		 392 aa  192  6e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.51 
 
 		 404 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.95 
 
 		 379 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.34 
 
 		 379 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.51 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  28.24 
 
 		 458 aa  155  1e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  30.03 
 
 		 390 aa  142  9e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  32.33 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.65 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  28.39 
 
 		 398 aa  135  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.69 
 
 		 387 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.68 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  29.68 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  29.92 
 
 		 527 aa  129  9.000000000000001e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  29.1 
 
 		 547 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  31.54 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2547  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.68 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.211268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  27.75 
 
 		 414 aa  123  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  27.03 
 
 		 394 aa  119  9e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  29.89 
 
 		 422 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  27.72 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.42 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 		 418 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.12 
 
 		 420 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 		 420 aa  114  4.0000000000000004e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  26.95 
 
 		 420 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>